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万見
- PDB-4i1i: Crystal structure of a putative Cytosolic malate dehydrogenase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1i
タイトルCrystal structure of a putative Cytosolic malate dehydrogenase from Leishmania major Friedlin in complex with NAD
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Leishmania major / Malate dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / NADH metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative Cytosolic malate dehydrogenase from Leishmania major Friedlin in complex with NAD
著者: SSGCID / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Myler, P.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,22411
ポリマ－72,9652
非ポリマー1,2599
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.820, 65.130, 77.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Malate dehydrogenase


分子量: 36482.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: cMDH, LMJF_28_2860 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q7X6, malate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: EmeraldBio PACT screen a3: 25% PEG 1500, 100mM SPG buffer pH 6.0; LemaA.01212.a.A1.P001468 at 15mg/ml + 2.5mM NAD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 96750 / Num. obs: 95941 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.149 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsRsym value% possible all
1.5-1.542.60.352.7818894712467110.3594.2
1.54-1.580.2973.9424609696499.3
1.58-1.630.2584.7325037668899.8
1.63-1.680.2115.7424385651399.8
1.68-1.730.1836.5223859635799.8
1.73-1.790.1547.8423144613799.7
1.79-1.860.1259.4422435594199.5
1.86-1.940.1041121370567499.5
1.94-2.020.08812.9620705546999.7
2.02-2.120.07614.7819693519999.5
2.12-2.240.06516.419025500199.3
2.24-2.370.0617.6517794468799.5
2.37-2.540.05718.9716829442199.6
2.54-2.740.05520.1315788415799.5
2.74-30.05121.4414383378199.7
3-3.350.0522.813135346099.4
3.35-3.870.04924.0211509304999.5
3.87-4.740.04724.729717257999.5
4.74-6.710.04524.47596202299.2
6.710.04424.223938113198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.7.0032位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H7P

4h7p


解像度: 1.5→48.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.17 / WRfactor Rwork: 0.1488 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9116 / SU B: 2.034 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0613 / SU Rfree: 0.0613 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1655 4794 5 %RANDOM
Rwork0.1449 ---
all0.1459 96750 --
obs0.1459 95920 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.59 Å2 / Biso mean: 21.1806 Å2 / Biso min: 9.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.07 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4567 0 79 623 5269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9846578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803310705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.38223.684171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.23215730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2041533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.2432558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1891.2432557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.841.8613198
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 335 -
Rwork0.237 6362 -
all-6697 -
obs-6711 94.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27620.0804-0.13860.50060.10110.8276-0.01350.04630.0067-0.0177-0.00230.00450.0294-0.0340.01580.05410.0030.0440.02360.00210.038-5.29920.0862.283
20.5794-0.0327-0.06590.29710.11890.7921-0.0112-0.0712-0.00110.0659-0.01220.02150.0837-0.01420.02330.0886-0.01470.0550.0176-0.01020.0367-13.81616.46795.001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 324
2X-RAY DIFFRACTION1A400 - 405
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 324
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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