PDB-4gyk: Crystal structure of mutant (D318N) bacillus subtilis family 3 gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gyk

タイトル

Crystal structure of mutant (D318N) bacillus subtilis family 3 glycoside hydrolase (nagz) in complex with glcnac-murnac (space group P1211)

要素

Glycoside Hydrolase NagZ

キーワード

HYDROLASE/substrate / TIM-BARREL / HYDROLASE / HYDROLASE-substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bacik, J.P. / Mark, B.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Active Site Plasticity within the Glycoside Hydrolase NagZ Underlies a Dynamic Mechanism of Substrate Distortion.
著者: Bacik, J.P. / Whitworth, G.E. / Stubbs, K.A. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.

履歴

登録	2012年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月18日	Group: Other
改定 1.2	2014年10月8日	Group: Structure summary
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gyk.cif.gz	497 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gyk.ent.gz	403.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gvfC 4gvgC 4gvhC 4gviC 4gyjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lk6-2 6ztf-1 4jvo-d 2rj0-2 5fkt-1 4mjx-d 3hf1-d 3lk6-3 5c4b-1 3gjz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
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#262 - 2021年10月
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#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoside Hydrolase NagZ

B: Glycoside Hydrolase NagZ

ヘテロ分子

143 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glycoside Hydrolase NagZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycoside Hydrolase NagZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.978, 132.154, 73.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glycoside Hydrolase NagZ / ORF1

分子量: 71230.641 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 18-642 / 変異: D318N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU01660, NagZ, ybbD, yzbA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40406

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O_3OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.33 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG3350, 0.2 M Potassium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.19 Å / Num. all: 138375 / Num. obs: 90597 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.604 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 12802 / R_sym value: 0.635 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxDC		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4GYJ

4gyj

解像度: 1.8→43.47 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2302	4268	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1712	-	-	-
obs	0.1742	90520	94.99 %	-
all	-	90597	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.965 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1179 Å²	0 Å²	-3.0385 Å²
2-	-	3.4751 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.6429 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9400	0	68	1158	10626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.199	13065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.658	3757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.344	149	0.2667	2692	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8205-1.8419	0.2963	149	0.2495	2790	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8419-1.8643	0.3183	153	0.2298	2808	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8643-1.8879	0.2762	169	0.2263	2707	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8879-1.9128	0.3011	147	0.2217	2786	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9128-1.939	0.2957	144	0.2143	2813	X-RAY DIFFRACTION	92
1.939-1.9667	0.2601	147	0.2035	2705	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9667-1.996	0.3066	161	0.1969	2813	X-RAY DIFFRACTION	92
1.996-2.0272	0.2672	136	0.1846	2738	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0272-2.0605	0.2538	142	0.1778	2786	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0605-2.096	0.242	141	0.1855	2762	X-RAY DIFFRACTION	92
2.096-2.1341	0.2746	160	0.1829	2743	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1341-2.1751	0.2536	152	0.1761	2793	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1751-2.2195	0.2294	135	0.1725	2756	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2195-2.2678	0.2313	136	0.1646	2771	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2678-2.3206	0.2592	140	0.1679	2738	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3206-2.3786	0.2316	135	0.1596	2768	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3786-2.4429	0.2413	154	0.172	2890	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4429-2.5148	0.2347	154	0.1717	2966	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5148-2.5959	0.2483	140	0.1684	3018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5959-2.6887	0.2301	165	0.1734	3009	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6887-2.7963	0.2351	151	0.1767	2979	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7963-2.9236	0.2501	174	0.1738	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0777	0.2274	185	0.1718	2976	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0777-3.2704	0.2327	161	0.1694	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2704-3.5228	0.2018	174	0.1546	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5228-3.8772	0.1961	158	0.148	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8772-4.4377	0.1696	160	0.1393	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4377-5.5892	0.1907	145	0.1446	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5892-43.4826	0.1838	172	0.1607	3015	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7705	-0.9027	-0.5103	1.6544	1.0942	2.1767	0.0757	0.125	0.0198	-0.1488	-0.059	0.1224	-0.021	0.0083	0.0002	0.0646	-0.0114	-0.0111	0.0436	0.0409	0.0559	6.8852	28.6321	3.7163
2	0.5431	-0.2875	0.0625	1.0992	-0.7896	1.0819	0.0016	-0.0568	0.0277	-0.0028	0.0038	0.0058	0.0136	0.0541	-0.0282	0.0301	0.0056	-0.0002	0.0461	-0.0174	0.0329	3.8243	13.2595	18.6438
3	1.2667	0.2955	0.3798	1.6399	-0.3384	1.3475	0.0285	-0.0489	-0.0567	0.1213	-0.027	-0.1015	-0.0302	0.0597	0.0155	0.045	0.0179	0.0066	0.0691	0.0036	0.0297	22.1967	16.3711	17.9824
4	0.981	0.1528	0.0149	2.1486	0.5297	0.9785	-0.0084	0.0794	0.0397	-0.0748	0.0001	0.0259	-0.0009	0.079	0.0126	0.0881	0.0184	-0.0073	0.0514	0.0223	-0.0073	14.8997	25.3205	2.7863
5	0.7018	-1.0324	1.4741	2.8066	-3.812	5.7366	0.0492	0.0875	-0.0816	-0.05	0.0957	0.201	0.133	-0.1273	-0.1321	0.0246	0.0075	0.0226	0.0812	-0.0241	0.1035	-11.2901	8.6589	21.789
6	1.3639	0.2599	0.1211	1.0599	0.0804	0.5065	0.0509	-0.1653	0.1055	0.2477	-0.0428	0.2706	-0.1122	-0.1262	0.0268	0.0963	0.008	0.0747	-0.0117	-0.0257	0.1192	-8.2425	13.0059	49.2015
7	0.944	0.063	-0.371	0.8073	0.211	1.1615	0.0136	-0.0644	-0.1096	0.1074	-0.0368	0.1236	0.1568	0.0181	-0.0195	0.102	0.0014	0.0048	0.0011	0.0058	0.0564	-2.2906	4.5363	43.0755
8	1.4931	-0.1215	0.1821	0.8472	-0.1483	1.1935	0.0235	-0.1704	-0.1553	0.0785	-0.0185	0.1591	0.0937	-0.0676	-0.0098	0.0453	-0.0175	0.0256	0.0726	0.0235	0.0198	-22.5914	-34.2904	30.4391
9	1.2327	0.3892	-0.095	0.7823	-0.6278	1.548	-0.0193	-0.024	0.0377	-0.0026	-0.0796	0.0058	-0.152	0.1328	0.0018	0.0223	0.0067	0.0028	0.0464	-0.0228	0.0396	-20.1005	-14.9598	15.875
10	1.1629	-0.1556	-0.167	1.6693	-0.1835	1.1531	0.0059	-0.02	-0.0091	-0.005	-0.0421	-0.0838	0.0078	0.0446	0.0316	0.0403	-0.014	-0.0068	0.0536	-0.0079	0.0287	-3.3369	-21.5414	18.8546
11	1.2828	-0.4186	0.2453	2.5786	0.3472	0.9523	-0.0206	-0.0215	-0.0263	0.192	-0.0226	-0.0404	-0.0177	-0.0169	0.0458	0.1147	-0.0282	0.0164	0.0651	0.0338	0.0137	-10.857	-30.3026	34.0352
12	1.082	1.2213	-2.0427	3.3246	-4.3048	6.6755	0.0438	-0.0169	0.1421	0.0028	0.1721	0.2322	-0.1385	-0.1975	-0.2129	0.0452	-0.0002	-0.0253	0.075	-0.0231	0.1121	-36.9344	-13.4774	15.0555
13	2.0149	-0.3802	-0.0149	1.2075	-0.0054	0.658	0.0618	0.1787	-0.1573	-0.2502	-0.0421	0.2405	0.0168	-0.0335	-0.0114	0.1228	0.0143	-0.0659	0.05	-0.0172	0.1147	-33.9595	-17.9912	-12.1383
14	1.3972	-0.0305	0.2132	1.3144	0.1433	1.1105	-0.0545	0.1138	0.1242	-0.1557	-0.0167	0.0678	-0.1741	-0.0189	0.0131	0.0982	0.0055	-0.0174	0.0307	0.013	0.0602	-28.0682	-9.3664	-5.9928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 27:84)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 85:237)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 238:349)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 350:403)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 404:442)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 443:542)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 543:642)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 34:113)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 114:237)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 238:349)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 350:403)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 404:442)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 443:542)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 543:642)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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