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- PDB-4i16: Crystal structure of CARMA1 CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i16
タイトルCrystal structure of CARMA1 CARD
要素Caspase recruitment domain-containing protein 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / CBM complex / Helix bundle / scaffold protein / BCL10 and MALT1 binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / thymic T cell selection / CBM complex / regulation of B cell differentiation / Activation of NF-kappaB in B cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / CARD domain binding / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...lymphocyte activation / thymic T cell selection / CBM complex / regulation of B cell differentiation / Activation of NF-kappaB in B cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / CARD domain binding / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / TORC1 signaling / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell proliferation / immunological synapse / homeostasis of number of cells / canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of immune response / T cell costimulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / B cell differentiation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein homooligomerization / positive regulation of T cell activation / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / membrane raft / signal transduction / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD11, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / PDZ superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Li, S. / Yang, X. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the assembly of CARMA1 and BCL10
著者: Li, S. / Yang, X. / Shao, J. / Shen, Y.
履歴
登録2012年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2415
ポリマ－10,8561
非ポリマー3844
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.285, 82.285, 82.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

21A-363-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caspase recruitment domain-containing protein 11


分子量: 10856.454 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL CARD DOMAIN, residues 18-110 / 変異: E18A, E20A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Card11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CIS0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 1.6M MgSO4, 0.1M MES, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U11.5418
シンクロトロンSSRF BL17U20.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-2251CCD2010年5月4日mirrors
RAYONIX MX-2252CCD2010年7月21日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97951
反射解像度: 1.75→21.992 Å / Num. all: 18504 / Num. obs: 16403 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 21.19 Å2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.751→21.992 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8238 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 456 4.81 %RANDOM
Rwork0.1922 ---
all0.1942 9943 --
obs0.1942 9487 94.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.401 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.02 Å2 / Biso mean: 25.8068 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.751→21.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数739 0 20 89 848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0141046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.517290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7507-2.00390.2951220.22652551267382
2.0039-2.52420.20551620.16643136329899
2.5242-21.99330.23221720.197133443516100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.2506 Å / Origin y: 0.3862 Å / Origin z: -20.4388 Å
111213212223313233
T0.0911 Å20.0075 Å20.0063 Å2-0.0927 Å20.0097 Å2--0.1248 Å2
L0.1859 °2-0.0635 °2-0.0454 °2-0.8771 °2-0.2445 °2--0.7008 °2
S-0.0329 Å °-0.0102 Å °0.0453 Å °-0.0512 Å °0.0072 Å °-0.0779 Å °-0.0463 Å °0.0113 Å °0.0181 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA20 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA201 - 204
3X-RAY DIFFRACTION1ALLA301 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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