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万見
- PDB-4i0p: HLA-DO in complex with HLA-DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i0p
タイトルHLA-DO in complex with HLA-DM
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DO ...) x 2
  • HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
  • HLA-DMA protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DM / HLA-DO / HLA-DR / peptide loading / inhibitor / enzyme HLA-DM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain / HLA-DMA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guce, A.I. / Mortimer, S.E. / Stern, L.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: HLA-DO acts as a substrate mimic to inhibit HLA-DM by a competitive mechanism.
著者: Guce, A.I. / Mortimer, S.E. / Yoon, T. / Painter, C.A. / Jiang, W. / Mellins, E.D. / Stern, L.J.
履歴
登録2012年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年12月26日ID: 3USA
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-DMA protein
B: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain
E: HLA-DMA protein
F: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
G: HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,08020
ポリマ－170,0468
非ポリマー2,03412
水1086
1
A: HLA-DMA protein
B: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7798
ポリマ－85,0234
非ポリマー7564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14530 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
2
E: HLA-DMA protein
F: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
G: HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,30112
ポリマ－85,0234
非ポリマー1,2788
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15400 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.260, 147.100, 95.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND RESSEQ 15:90) OR (CHAIN B AND RESSEQ 5:90)
211(CHAIN E AND RESSEQ 15:90) OR (CHAIN E AND RESSEQ 5:90)
112CHAIN A AND RESSEQ 91:197
212CHAIN E AND RESSEQ 91:197
113(CHAIN B AND RESSEQ 91:138) OR (CHAIN B AND RESSEQ 147:176)
213(CHAIN F AND RESSEQ 91:138) OR (CHAIN F AND RESSEQ 147:176)
114(CHAIN C AND RESSEQ 5:75) OR (CHAIN D AND RESSEQ 6:90)
214(CHAIN G AND RESSEQ 5:75) OR (CHAIN H AND RESSEQ 6:90)
115CHAIN C AND RESSEQ 91:150
215CHAIN G AND RESSEQ 91:150
116CHAIN D AND RESSEQ 91:170
216CHAIN H AND RESSEQ 91:170

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 HLA-DMA protein


分子量: 21303.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: 3108, HLA-DMA
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider-2 / 参照: UniProt: Q6ICR9
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain / MHC class II antigen DMB / Really interesting new gene 7 protein


分子量: 21507.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: 3109, DMB, HLA-DMB, RING7
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider-2 / 参照: UniProt: P28068

-
HLA class II histocompatibility antigen, DO ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain / MHC DN-alpha / MHC DZ alpha / MHC class II antigen DOA


分子量: 20577.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: 3111, HLA-DNA, HLA-DOA, HLA-DZA
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider-2 / 参照: UniProt: P06340
#4: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DO beta chain / MHC class II antigen DOB


分子量: 21634.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: 3112, HLA-DOB
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider-2 / 参照: UniProt: P13765

-
糖 , 1種, 7分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 11分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM Na acetate, 8% PEG 4K, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
詳細: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 36565 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.683 / Rsym value: 0.683 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.3143 Å / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.683 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2BC4 (DM), 1KLU (DR1)

2bc4

1klu


解像度: 3.2→43.909 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 1856 5.4 %
Rwork0.1877 --
obs0.1906 34364 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11928 0 130 6 12064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85317035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3884510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042204
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A623X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E623X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
21A847X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E847X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
31B621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
41C1262X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42G1262X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
51C489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52G489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
61D639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62H639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.28650.35112240.26332241X-RAY DIFFRACTION89
3.2865-3.38321000000000.24442480X-RAY DIFFRACTION89
3.3832-3.49230.31051980.24022274X-RAY DIFFRACTION88
3.4923-3.61710.28321820.21542306X-RAY DIFFRACTION89
3.6171-3.76181000000000.20732541X-RAY DIFFRACTION90
3.7618-3.93290.27541680.20982353X-RAY DIFFRACTION91
3.9329-4.14020.25631590.18442490X-RAY DIFFRACTION93
4.1402-4.39930.18211370.16092571X-RAY DIFFRACTION97
4.3993-4.73860.19351350.14322644X-RAY DIFFRACTION99
4.7386-5.21480.19652240.13922575X-RAY DIFFRACTION99
5.2148-5.96780.2634890.17392715X-RAY DIFFRACTION99
5.9678-7.51270.23561770.19462608X-RAY DIFFRACTION99
7.5127-43.91280.2051630.18452710X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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