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万見
- PDB-4hz9: Crystal structure of the type VI native effector-immunity complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hz9
タイトルCrystal structure of the type VI native effector-immunity complex Tae3-Tai3 from Ralstonia pickettii
要素
  • Putative cytoplasmic protein
  • Putative periplasmic protein
キーワードHYDROLASE / protein-protein complex / endopeptidase / periplasmic space
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cytoplasmic protein / Putative periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the inhibition of type VI effector Tae3 by its immunity protein Tai3
著者: Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / She, Z. / Liu, G.F. / Shen, Y.Q. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4433
ポリマ－47,4433
非ポリマー00
水2,072115
1
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein

A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8866
ポリマ－94,8866
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.166, 144.382, 129.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein / toxin protein


分子量: 13100.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF2
#2: タンパク質 Putative periplasmic protein / antitoxin protein


分子量: 17171.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01M ferric chloride hexahydrate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH5.6, 10% v/v jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 20876 / Num. obs: 20842 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 35.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HZB

4hzb


解像度: 2.4→48.286 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1069 5.13 %
Rwork0.1912 --
obs0.1933 20842 98.83 %
all-20876 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.889 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 117.98 Å2 / Biso mean: 36.3322 Å2 / Biso min: 9.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8127 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.3926 Å2-0 Å2
3----1.4201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 0 115 3033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0224107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1821070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4004-2.50960.41651260.3392266239293
2.5096-2.64190.33631370.24642408254598
2.6419-2.80740.26421290.200624822611100
2.8074-3.02420.24151230.190224812604100
3.0242-3.32840.27611270.200425002627100
3.3284-3.80990.23871390.19625002639100
3.8099-4.79940.16871580.14624982656100
4.7994-48.29560.19791300.177526382768100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2936 Å / Origin y: 15.5327 Å / Origin z: -0.0079 Å
111213212223313233
T0.0998 Å20.0222 Å2-0.0064 Å2-0.0842 Å20.0174 Å2--0.1192 Å2
L0.7266 °2-0.0042 °2-0.0095 °2-1.2267 °2-0.0519 °2--1.3558 °2
S-0.0179 Å °0.0246 Å °0.1796 Å °-0.042 Å °-0.0717 Å °-0.0304 Å °-0.3034 Å °-0.0497 Å °0.0587 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1allB29 - 151
3X-RAY DIFFRACTION1allC30 - 151
4X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 241
5X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 247
6X-RAY DIFFRACTION1allC201 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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