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- PDB-4hy9: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hy9
タイトルCrystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with pyrrhocoricin_LYZZ (residues 1 to 11)
要素
  • Chaperone protein DnaK
  • Pyrrhocoricin
キーワードCHAPERONE / PEPTIDE BINDING PROTEIN / antimicrobial peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA replication / defense response to bacterium / innate immune response / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrrhocoricin / Chaperone protein DnaK / Pyrrhocoricin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Pyrrhocoris apterus (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB ENTRY 3DPO / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Zahn, M. / Straeter, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on the Forward and Reverse Binding Modes of Peptides to the Chaperone DnaK.
著者: Zahn, M. / Berthold, N. / Kieslich, B. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Chaperone protein DnaK
C: Pyrrhocoricin
D: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0218
ポリマ－50,6374
非ポリマー3844
水6,954386
1
A: Chaperone protein DnaK
C: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5114
ポリマ－25,3192
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
B: Chaperone protein DnaK
D: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5114
ポリマ－25,3192
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.402, 162.131, 45.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-469-

MET

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg, b0014, JW0013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド Pyrrhocoricin


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 1497.820 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-11 / 由来タイプ: 合成
詳細: Pyrrhocoricin occurs naturally in Pyrrhocoris apterus.
由来: (合成) Pyrrhocoris apterus (昆虫) / 参照: UniProt: P37362, Pyrrhocoricin
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99188 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→24.6 Å / Num. obs: 83099 / % possible obs: 99.4 %
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PDB ENTRY 3DPO / 解像度: 1.55→24.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.024 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24053 1624 2 %RANDOM
Rwork0.21228 ---
obs0.21284 80303 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å2-0 Å2
3---2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 20 386 3806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.341.9924736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4535456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.05226.581155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51715661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1990.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 109 -
Rwork0.294 5870 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8411-0.0843-0.21730.2377-0.04610.0783-0.0127-0.00480.05870.00490.0265-0.00820.0129-0.0156-0.01380.09490.0015-0.00160.0988-0.00770.0046-30.845936.5216-22.0234
28.2017-0.2263-4.01310.3444-0.00632.1690.08530.08880.082-0.01710.04550.0433-0.0788-0.14-0.13080.0925-0.00880.0120.08540.04210.0415-40.689920.8979-13.0474
35.4338-0.4848-2.05861.4309-0.69412.336-0.0422-0.15790.05320.15560.23930.2333-0.1067-0.3203-0.19710.0695-0.00720.01340.16790.07250.0545-54.575217.2702-2.7931
40.3775-0.1789-0.250.76910.39440.44680.0135-0.068-0.0609-0.02480.0154-0.1108-0.00620.0193-0.02890.0951-0.0008-0.00520.0750.00790.0407-11.3119.182-5.8113
50.8086-0.6039-0.23321.81630.49390.2789-0.10980.0319-0.15440.01270.09840.14650.0039-0.04750.01130.0932-0.02980.00330.0730.01610.0495-24.91439.5077-6.6187
62.9798-0.1829-0.62852.06721.05152.5122-0.23640.7013-0.2935-0.22940.19650.14150.0180.10040.03980.1637-0.12960.01190.2859-0.1040.0675-21.1876-9.9842-21.0321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A389 - 516
2X-RAY DIFFRACTION2A517 - 551
3X-RAY DIFFRACTION3A552 - 601
4X-RAY DIFFRACTION4B389 - 508
5X-RAY DIFFRACTION5B509 - 549
6X-RAY DIFFRACTION6B550 - 603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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