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万見
- PDB-4hxt: Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Gen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hxt
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR329
要素De Novo Protein OR329
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Huang, P.-S. / Maglaqui, M. / Xiao, X. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Huang, P.-S. / Maglaqui, M. / Xiao, X. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: NAT.CHEM. / 年: 2017
タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D.
履歴
登録2012年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De Novo Protein OR329


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0731
ポリマ－26,0731
非ポリマー00
水3,333185
1
A: De Novo Protein OR329

A: De Novo Protein OR329


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1462
ポリマ－52,1462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2070 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.493, 31.941, 72.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

詳細monomer,24.69 kD,83.5%|dimer,49.94 kD,14.2%

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要素

#1: タンパク質 De Novo Protein OR329


分子量: 26073.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: OR329-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M magnesium nitrate, 0.1M sodium citrate, pH 4.2, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 31075 / Num. obs: 28434 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3132 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DB8

4db8


解像度: 1.95→40.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1399 4.92 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 28422 90.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.714 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.73 Å2 / Biso mean: 31.63 Å2 / Biso min: 12.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.541 Å20 Å2-1.729 Å2
2--6.182 Å2-0 Å2
3----2.641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 0 185 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9182423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.148659
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.020.2171040.2031638174254
2.02-2.1010.2211230.1842114223772
2.101-2.1970.2351280.1732506263485
2.197-2.3120.1931500.1542944309499
2.312-2.4570.1821380.16329803118100
2.457-2.6470.2241290.16630093138100
2.647-2.9130.2271480.18129703118100
2.913-3.3350.2111520.18329533105100
3.335-4.2010.1531720.13829713143100
4.201-40.1390.1741550.1642938309399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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