PDB-4hwc: Structure of ATBAG1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hwc

タイトル

Structure of ATBAG1

要素

BAG family molecular chaperone regulator 1

キーワード

APOPTOSIS / three helix bundle / co-chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

adenyl-nucleotide exchange factor activity / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein-folding chaperone binding / protein stabilization / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Shen, Y. / Fang, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insight into plant programmed cell death mediated by BAG proteins in Arabidopsis thaliana.
著者: Fang, S. / Li, L. / Cui, B. / Men, S. / Shen, Y. / Yang, X.

履歴

登録	2012年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hwc.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hwc.ent.gz	176.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hwdC 4hwfC 4hwhC 4hwiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hwd-3 4hwh-2 4hwh-1 4hwd-1 1opq-d 3rgu-3 3rgu-1 4xed-d 2m6u-d 3rgu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BAG family molecular chaperone regulator 1

B: BAG family molecular chaperone regulator 1

C: BAG family molecular chaperone regulator 1

D: BAG family molecular chaperone regulator 1

E: BAG family molecular chaperone regulator 1

F: BAG family molecular chaperone regulator 1

ヘテロ分子

58.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BAG family molecular chaperone regulator 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BAG family molecular chaperone regulator 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
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3

C: BAG family molecular chaperone regulator 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
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4

D: BAG family molecular chaperone regulator 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
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5

E: BAG family molecular chaperone regulator 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.76 kDa, 1 ポリマー
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6

F: BAG family molecular chaperone regulator 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.716, 96.847, 103.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BAG family molecular chaperone regulator 1 / Bcl-2-associated athanogene 1 分子量: 9726.405 Da / 分子数: 6 / 断片: BAG domain (UNP residues 157-241) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g52060, BAG1, MSG15.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0WUQ1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 32% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9791	1

反射

解像度: 1.798→35.478 Å / Num. all: 53532 / Num. obs: 53074 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 1.798→1.86 Å / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	モデル構築
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.798→35.478 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2514	2628	5.1 %
R_work	0.2382	-	-
obs	0.2389	51507	96.28 %
all	-	53148	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.878 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2219 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3387 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5607 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→35.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3862	0	2	543	4407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	5180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.718	1494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	644

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.798-1.831	0.3949	111	0.3535	2074	X-RAY DIFFRACTION	78
1.831-1.8662	0.3111	119	0.3417	2282	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8662-1.9043	0.3572	130	0.2995	2387	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9043-1.9457	0.3151	135	0.2676	2448	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9457-1.991	0.2924	144	0.2672	2502	X-RAY DIFFRACTION	95
1.991-2.0408	0.2583	131	0.2409	2554	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0408-2.0959	0.2423	143	0.2595	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0959-2.1576	0.2567	123	0.2366	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1576-2.2272	0.2383	132	0.2425	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2272-2.3068	0.2359	147	0.2277	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3068-2.3992	0.2629	162	0.2249	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3992-2.5083	0.2446	142	0.2207	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5083-2.6405	0.2485	151	0.2408	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6405-2.8059	0.2657	153	0.2633	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8059-3.0225	0.2617	124	0.2513	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0225-3.3264	0.2424	133	0.234	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3264-3.8073	0.2283	148	0.2172	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8073-4.7949	0.1915	148	0.1988	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7949-35.485	0.2836	152	0.2451	2798	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.7535 Å / Origin y: -24.4369 Å / Origin z: 26.206 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0913 Å²	0.008 Å²	-0.0126 Å²	-	0.0702 Å²	-0.0164 Å²	-	-	0.105 Å²
L	0.0649 °²	-0.013 °²	-0.0294 °²	-	0.0554 °²	0.007 °²	-	-	0.2014 °²
S	0.0112 Å °	-0.0061 Å °	-0.0151 Å °	-0.0229 Å °	-0.0147 Å °	0.0313 Å °	-0.0029 Å °	0.0247 Å °	0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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