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- PDB-4hwc: Structure of ATBAG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwc
タイトルStructure of ATBAG1
要素BAG family molecular chaperone regulator 1
キーワードAPOPTOSIS / three helix bundle / co-chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein-folding chaperone binding / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Shen, Y. / Fang, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insight into plant programmed cell death mediated by BAG proteins in Arabidopsis thaliana.
著者: Fang, S. / Li, L. / Cui, B. / Men, S. / Shen, Y. / Yang, X.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG family molecular chaperone regulator 1
B: BAG family molecular chaperone regulator 1
C: BAG family molecular chaperone regulator 1
D: BAG family molecular chaperone regulator 1
E: BAG family molecular chaperone regulator 1
F: BAG family molecular chaperone regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4298
ポリマ－58,3586
非ポリマー712
水9,782543
1
A: BAG family molecular chaperone regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7622
ポリマ－9,7261
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BAG family molecular chaperone regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7261
ポリマ－9,7261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BAG family molecular chaperone regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7261
ポリマ－9,7261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BAG family molecular chaperone regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7261
ポリマ－9,7261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: BAG family molecular chaperone regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7622
ポリマ－9,7261
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: BAG family molecular chaperone regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7261
ポリマ－9,7261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.716, 96.847, 103.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BAG family molecular chaperone regulator 1 / Bcl-2-associated athanogene 1


分子量: 9726.405 Da / 分子数: 6 / 断片: BAG domain (UNP residues 157-241) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g52060, BAG1, MSG15.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0WUQ1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 32% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97911
反射解像度: 1.798→35.478 Å / Num. all: 53532 / Num. obs: 53074 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.798→1.86 Å / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(PHENIX.REFINE)モデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.798→35.478 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2628 5.1 %
Rwork0.2382 --
obs0.2389 51507 96.28 %
all-53148 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.878 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2219 Å20 Å2-0 Å2
2--1.3387 Å20 Å2
3----2.5607 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→35.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 2 543 4407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9595180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7181494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.798-1.8310.39491110.35352074X-RAY DIFFRACTION78
1.831-1.86620.31111190.34172282X-RAY DIFFRACTION87
1.8662-1.90430.35721300.29952387X-RAY DIFFRACTION90
1.9043-1.94570.31511350.26762448X-RAY DIFFRACTION93
1.9457-1.9910.29241440.26722502X-RAY DIFFRACTION95
1.991-2.04080.25831310.24092554X-RAY DIFFRACTION96
2.0408-2.09590.24231430.25952574X-RAY DIFFRACTION98
2.0959-2.15760.25671230.23662622X-RAY DIFFRACTION98
2.1576-2.22720.23831320.24252613X-RAY DIFFRACTION99
2.2272-2.30680.23591470.22772623X-RAY DIFFRACTION99
2.3068-2.39920.26291620.22492629X-RAY DIFFRACTION99
2.3992-2.50830.24461420.22072618X-RAY DIFFRACTION99
2.5083-2.64050.24851510.24082639X-RAY DIFFRACTION99
2.6405-2.80590.26571530.26332660X-RAY DIFFRACTION100
2.8059-3.02250.26171240.25132706X-RAY DIFFRACTION100
3.0225-3.32640.24241330.2342706X-RAY DIFFRACTION100
3.3264-3.80730.22831480.21722713X-RAY DIFFRACTION100
3.8073-4.79490.19151480.19882731X-RAY DIFFRACTION100
4.7949-35.4850.28361520.24512798X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.7535 Å / Origin y: -24.4369 Å / Origin z: 26.206 Å
111213212223313233
T0.0913 Å20.008 Å2-0.0126 Å2-0.0702 Å2-0.0164 Å2--0.105 Å2
L0.0649 °2-0.013 °2-0.0294 °2-0.0554 °20.007 °2--0.2014 °2
S0.0112 Å °-0.0061 Å °-0.0151 Å °-0.0229 Å °-0.0147 Å °0.0313 Å °-0.0029 Å °0.0247 Å °0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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