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万見
- PDB-4hwb: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwb
タイトルCrystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / FNIII / cytokine signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor complex / erythropoietin receptor activity / cytokine receptor activity / cytokine binding / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins ...Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Xu, Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment
著者: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W. ...著者: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W.R. / Luo, C.S. / Czabotar, P.E. / Garrett, T.P. / Hilton, D.J. / Nash, A.D. / Zhang, J.G. / Nicola, N.A.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other
改定 1.22013年7月24日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,41121
ポリマ－62,1253
非ポリマー2,28518
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.480, 123.480, 181.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Interleukin-13 receptor subunit alpha-1 / IL-13 receptor subunit alpha-1 / IL-13R subunit alpha-1 / IL-13R-alpha-1 / IL-13RA1 / Cancer/testis ...IL-13 receptor subunit alpha-1 / IL-13R subunit alpha-1 / IL-13R-alpha-1 / IL-13RA1 / Cancer/testis antigen 19 / CT19


分子量: 14650.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13RA1, IL13R, IL13RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78552

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24342.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23132.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 95分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.6-2.0 M Li2SO4 0.1M CHES pH9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. all: 43581 / Num. obs: 42824 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 44.57 Å2
反射 シェル解像度: 2.61→2.76 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASERMR位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9194 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9074 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 2148 5.03 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1981 42736 98.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8558 Å20 Å20 Å2
2---5.8558 Å20 Å2
3---11.7116 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.441 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4071 0 130 77 4278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014297HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.275869HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes612HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4297HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion552SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4547SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3213 135 4.34 %
Rwork0.2864 2973 -
all0.288 3108 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44950.0437-0.05771.933-0.90186.99850.00250.0160.11670.111-0.0572-0.188-0.1910.19250.05470.0058-0.00660.0223-0.05170.0204-0.1709-2.8357-70.113771.1765
23.7150.21480.10313.62920.44621.98160.0963-0.5396-0.53020.2936-0.0665-0.13110.5279-0.3715-0.02980.1887-0.152-0.0453-0.01040.0351-0.304-12.2148-93.190497.1126
33.13582.2937-0.53383.96780.32543.5984-0.1530.3695-0.2297-0.22260.03440.03270.5442-0.54420.11860.2997-0.1520.030.1407-0.0101-0.304-11.444-87.844559.9901
45.88332.5555-1.74855.18811.40664.28320.0796-0.4240.2104-0.1342-0.01470.52890.1386-0.4813-0.065-0.0706-0.1520.03530.01020.0317-0.3003-27.4323-95.187590.7008
52.82891.3566-0.09812.08222.55713.2168-0.0828-0.20380.03350.14130.03850.1335-0.05720.18780.04430.1432-0.1514-0.12730.15350.151-0.25399.9214-49.516952.0771
65.4976-2.9104-0.74152.72571.93633.3587-0.00660.0792-0.1793-0.1422-0.0472-0.10110.50490.35590.05380.29630.1520.04040.08030.1407-0.3046.0178-79.322143.5446
70-0.2961-2.23540.9711-1.82223.0066-0.0113-0.10780.05990.0501-0.0160.0558-0.18820.06270.0273-0.02120.029-0.10330.18650.1098-0.2987-4.332-54.507953.862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|119 }H1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|120 - H|220 }H120 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|1 - L|104 }L1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|105 - L|211 }L105 - 211
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|200 - A|231 }A200 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|232 - A|291 }A232 - 291
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|292 - A|310 }A292 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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