PDB-4hvx: tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hvx

タイトル

tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant in complex with queuine

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / substrate specificity / bacterial TGT / Transferase / guanine exchange enzyme / queuine / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor.
著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K.

履歴

登録	2012年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hvx.cif.gz	155.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hvx.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hvx_validation.pdf.gz	753.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hvx_full_validation.pdf.gz	755.9 KB	表示
XML形式データ	4hvx_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	4hvx_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqzC 2nsoC 3bl3C 3bldC 3bllC 3bloC 4e2vC 4gcxC 4gd0C 4h6eC 4h7zC 4hqvC 4hshC 3gev PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ghr-1 3s1g-1 6fpu-1 4gg9-1 5egr-1 3rr4-1 3eou-1 2pot-1 6yiq-2 6z0d-1 3bld-1 4q4p-1 5jt5-1 5j9n-1 4q4r-1 3bl3-1 4dy1-1 4q8q-1 4fsa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.662, 64.486, 71.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-561- HOH
2	1	A-632- HOH

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42905.691 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pET9d-ZM-Y106F_C158V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE(3) pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-QEI / 2-amino-5-({[(1S,4S,5R)-4,5-dihydroxycyclopent-2-en-1-yl]amino}methyl)-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one / queuine / ケウイン分子量: 277.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THR TO LYS CONFLICT AT 312 IN UNP ENTRY P28720

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 1 mM DTT, 10% DMSO, 12 % PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 37328 / Num. obs: 35405 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 23.2 Å² / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1467 / R_sym value: 0.363 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GEV

3gev
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.82→23.824 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: R-free / σ(F): 1 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1975	3334	9.97 %	Random, 10%
R_work	0.1659	-	-	-
obs	0.1691	33444	89.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→23.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2726	0	32	165	2923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2841
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	3837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.789	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.8399	0.2788	94	0.2196	840	X-RAY DIFFRACTION	61
1.8399-1.8673	0.2313	115	0.2214	983	X-RAY DIFFRACTION	71
1.8673-1.8965	0.2616	102	0.2066	1049	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8965-1.9276	0.2155	122	0.2154	1216	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9276-1.9608	0.2025	111	0.1882	1158	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9608-1.9964	0.2385	150	0.174	1233	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9964-2.0348	0.2322	138	0.1787	1237	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0348-2.0763	0.1974	118	0.1637	1337	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0763-2.1214	0.1927	166	0.1637	1259	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1214-2.1708	0.2203	156	0.1604	1324	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1708-2.225	0.2	152	0.1562	1313	X-RAY DIFFRACTION	93
2.225-2.2851	0.2157	133	0.168	1293	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2851-2.3523	0.1925	143	0.1505	1326	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3523-2.4282	0.1922	156	0.1557	1318	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4282-2.5149	0.2071	152	0.1636	1288	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5149-2.6154	0.1744	136	0.1694	1362	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6154-2.7343	0.2193	137	0.1719	1343	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7343-2.8782	0.2072	173	0.1741	1303	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8782-3.0582	0.1895	133	0.1681	1371	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0582-3.2938	0.1932	142	0.1667	1350	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2938-3.6242	0.1665	162	0.1556	1311	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6242-4.1463	0.1951	151	0.1488	1337	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1463-5.2148	0.1639	139	0.1516	1332	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2148-23.824	0.2246	153	0.1847	1227	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4497	-0.3804	0.201	0.3804	0.039	1.456	-0.0357	-0.0581	-0.0381	0.1503	0.0545	-0.0104	-0.0323	-0.0323	-0.0066	0.1797	0.0139	0.003	0.1218	0.0089	0.1802	9.1957	3.2146	17.831
2	1.3185	-0.4631	-0.1876	1.1658	0.4349	1.3369	0.0446	-0.3762	0.2157	0.1846	0.0963	-0.1988	-0.3896	0.2007	-0.0988	0.3266	-0.0079	-0.0181	0.2256	-0.0503	0.1986	17.9966	12.8954	26.9839
3	1.0213	-0.4843	1.2167	0.5182	-0.7392	1.5409	-0.0798	0.1627	-0.019	-0.0095	0.0335	-0.0884	0.0035	0.1801	0.0484	0.1591	-0.0265	0.0114	0.1916	-0.0114	0.1961	17.7906	6.6705	-1.0196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 274 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 275 through 383 )

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