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- PDB-4hvl: Structure of a serine protease MycP1, an essential component of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hvl
タイトルStructure of a serine protease MycP1, an essential component of the type VII (ESX-1) secretion system
要素Membrane-anchored mycosin mycp1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / serine protease / subtilisin / mycosin / Rv3883c / protein secretion / subtilisin fold / protease / cell wall
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system peptidase S8A, mycosin / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Membrane-anchored mycosin mycp1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Evans, T.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Understanding specificity of the mycosin proteases in ESX/type VII secretion by structural and functional analysis.
著者: Wagner, J.M. / Evans, T.J. / Chen, J. / Zhu, H. / Houben, E.N. / Bitter, W. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-anchored mycosin mycp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,51014
ポリマ－38,6911
非ポリマー81913
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.950, 73.080, 75.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Membrane-anchored mycosin mycp1 / MycP1 protease


分子量: 38690.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-388 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
株: ATCC 19527 / 遺伝子: KEK_05522, MycP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7CDQ2

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M ZINC ACETATE, 0.1M IMIDAZOLE, 25% 1,2-PROPANEDIOL, 10% GLYCEROL, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 22-ID21.26
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 300 mm plate1IMAGE PLATE2012年6月11日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年6月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.261
反射解像度: 2→47.92 Å / Num. all: 44649 / Num. obs: 44283 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.437 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.050.6331.396113300691.5
2.05-2.110.5561.887439316298.1
2.11-2.170.5192.418990314099.3
2.17-2.240.4673.28110783015100
2.24-2.310.394.02112782923100
2.31-2.390.3264.82112042893100
2.39-2.480.2875.46106772747100
2.48-2.580.2416.41103412657100
2.58-2.70.1917.8499872565100
2.7-2.830.169.2693282392100
2.83-2.980.11811.9190112301100
2.98-3.160.09214.5785122176100
3.16-3.380.07317.5480852068100
3.38-3.650.05222.9374371904100
3.65-40.04326.2667491743100
4-4.470.03432.3361891592100
4.47-5.160.03332.8254721406100
5.16-6.330.03332.4246061183100
6.33-8.950.02638.583524914100
8.950.02243.9184249699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1THM

1thm


解像度: 2→47.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.1835 / WRfactor Rwork: 0.1511 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8879 / SU B: 6.944 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1776 / SU Rfree: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 1208 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all0.1709 23739 --
obs0.1709 23667 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.96 Å2 / Biso mean: 24.0577 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2653 0 31 209 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.9593773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7743.0015857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6255368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81724.299107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92615345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0331517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02603
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 87 -
Rwork0.264 1554 -
all-1641 -
obs--96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3442-0.3093-0.57292.3532-0.7591.74640.22790.00060.10090.1388-0.0148-0.0738-0.61830.0146-0.21310.2362-0.02810.06680.113-0.00110.083644.252746.947132.5034
29.67355.8815-0.34354.0271-0.1590.0180.0381-0.2581-0.549-0.015-0.0514-0.4397-0.00660.02460.01340.0650.00690.00110.10790.0060.060141.42221.972821.6662
30.7262-1.0092-0.10944.3923-0.50610.41870.0161-0.0109-0.0009-0.03430.03960.42040.0134-0.1734-0.05570.0014-0.0108-0.00240.12960.00690.107711.691628.277327.6887
41.1242-0.07350.07540.6551-0.15250.3067-0.02080.0664-0.0186-0.07850.02050.0391-0.0056-0.00030.00030.05230.0032-0.01310.0947-0.00170.050826.744932.407918.4647
51.9372-0.3843-0.41131.98140.37991.9537-0.1127-0.22360.04350.24030.1018-0.39430.0280.52180.01090.0855-0.0095-0.01910.1714-0.00820.098246.330131.101926.3105
60.75990.4744-0.29650.5873-0.06451.2242-0.0058-0.09190.00550.02990.0408-0.07990.0660.1302-0.0350.05560.0118-0.00170.0925-0.01250.053840.344639.087228.6691
71.36040.5815-0.42281.0238-0.15641.33820.0649-0.0809-0.0960.0294-0.0439-0.05390.09510.2462-0.0210.06590.0024-0.00720.1211-0.0190.053738.373142.225433.3731
81.25750.30730.96631.01150.60911.83660.0547-0.23430.04940.1385-0.07060.07070.0933-0.11990.01590.04760.00710.01430.1317-0.00280.056431.561437.738145.2616
90.8646-0.005-0.28922.56021.27182.1451-0.0287-0.0471-0.1380.20080.0142-0.03570.3120.16190.01450.064-0.0008-0.02160.0970.01020.081224.285722.398327.5005
100.6358-0.16540.15652.7807-0.39750.6131-0.00050.04320.0970.0603-0.02410.0862-0.0532-0.06560.02460.04180.00070.01060.08710.00940.066221.429541.500929.0474
112.5514-0.73850.5581.1309-2.40885.6649-0.001-0.24060.0112-0.04870.17730.09670.1552-0.3577-0.17630.0734-0.01630.04790.1268-0.06690.135117.98942.001743.5731
127.4349-1.87986.31062.5472-1.77378.4853-0.0185-0.24580.16410.09610.08010.2387-0.2436-0.2696-0.06160.0445-0.00630.05910.0923-0.00550.101316.382341.432737.9088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5A149 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6A174 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7A210 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8A245 - 299
9X-RAY DIFFRACTION9A300 - 326
10X-RAY DIFFRACTION10A327 - 362
11X-RAY DIFFRACTION11A363 - 375
12X-RAY DIFFRACTION12A376 - 391

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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