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- PDB-4hv0: Structure and Function of AvtR, a Novel Transcriptional Regulator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hv0
タイトルStructure and Function of AvtR, a Novel Transcriptional Regulator from a Hyperthermophilic Archaeal Lipothrixvirus
要素AvtR
キーワードTRANSCRIPTION / VIRAL PROTEIN / ribbon-helix-helix / DNA
機能・相同性Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Putative regulatory protein
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. ...Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / Prangishvili, D. / Sezonov, G. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of AvtR, a Novel Transcriptional Regulator from a Hyperthermophilic Archaeal Lipothrixvirus.
著者: Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / Prangishvili, D. / Sezonov, G. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2012年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvtR
B: AvtR
C: AvtR
D: AvtR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0874
ポリマ－52,0874
非ポリマー00
水1,17165
1
A: AvtR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0221
ポリマ－13,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AvtR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0221
ポリマ－13,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: AvtR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0221
ポリマ－13,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: AvtR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0221
ポリマ－13,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.153, 59.550, 84.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA2 - 992 - 99
21THRTHRBB2 - 992 - 99
12THRTHRAA2 - 992 - 99
22THRTHRCC2 - 992 - 99
13THRTHRAA2 - 992 - 99
23THRTHRDD2 - 992 - 99
14THRTHRBB2 - 992 - 99
24THRTHRCC2 - 992 - 99
15THRTHRBB2 - 992 - 99
25THRTHRDD2 - 992 - 99
16VALVALCC2 - 1002 - 100
26VALVALDD2 - 1002 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
AvtR


分子量: 13021.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
遺伝子: gp29 / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A7WKI3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22-27% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 5-10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→81.92 Å / Num. all: 15055 / Num. obs: 14095 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→81.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.219 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.845 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25832 753 5.1 %RANDOM
Rwork0.21147 ---
obs0.21383 14095 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.48 Å20 Å2-0.56 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→81.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 0 0 65 3171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7642.0174174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.54135710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94223.382136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63915675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7091528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02621
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A33340.16
12B33340.16
21A33590.14
22C33590.14
31A34770.14
32D34770.14
41B34450.11
42C34450.11
51B33230.18
52D33230.18
61C33010.16
62D33010.16
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 42 -
Rwork0.285 865 -
obs--85.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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