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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hv0 | ||||||
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タイトル | Structure and Function of AvtR, a Novel Transcriptional Regulator from a Hyperthermophilic Archaeal Lipothrixvirus | ||||||
![]() | AvtR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / VIRAL PROTEIN / ribbon-helix-helix / DNA | ||||||
機能・相同性 | Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Putative regulatory protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. ...Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / Prangishvili, D. / Sezonov, G. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of AvtR, a Novel Transcriptional Regulator from a Hyperthermophilic Archaeal Lipothrixvirus. 著者: Peixeiro, N. / Keller, J. / Collinet, B. / Leulliot, N. / Campanacci, V. / Cortez, D. / Cambillau, C. / Nitta, K.R. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / Prangishvili, D. / Sezonov, G. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13021.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gp29 / プラスミド: pET9 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22-27% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 5-10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.971 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→81.92 Å / Num. all: 15055 / Num. obs: 14095 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→81.92 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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