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- PDB-1igq: C-terminal Domain of Transcriptional Repressor Protein KorB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igq
タイトルC-terminal Domain of Transcriptional Repressor Protein KorB
要素Transcriptional repressor protein KorB
キーワードTRANSCRIPTION / SH3 domain / dimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome segregation / chromosome / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KorB, C-terminal domain / KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain ...KorB, C-terminal domain / KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Transcriptional repressor, C-terminal / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor protein KorB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Delbruck, H. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: An Src homology 3-like domain is responsible for dimerization of the repressor protein KorB encoded by the promiscuous IncP plasmid RP4.
著者: Delbruck, H. / Ziegelin, G. / Lanka, E. / Heinemann, U.
履歴
登録2001年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor protein KorB
B: Transcriptional repressor protein KorB
C: Transcriptional repressor protein KorB
D: Transcriptional repressor protein KorB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4404
ポリマ－28,4404
非ポリマー00
水4,504250
1
A: Transcriptional repressor protein KorB
C: Transcriptional repressor protein KorB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2202
ポリマ－14,2202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional repressor protein KorB
D: Transcriptional repressor protein KorB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2202
ポリマ－14,2202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.130, 82.150, 87.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional repressor protein KorB


分子量: 7110.020 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: korb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07674
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, NaCl, Na acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH7.6
250 mM1dropNaCl
336 %PEG40001reservoir
4200 mM1reservoirNaCl
5100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.0721 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月25日 / 詳細: crystal
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22 Å / Num. all: 32388 / Num. obs: 32160 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4717 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→22 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1700 5 %thin shells
Rwork0.1928 ---
all0.1946 32160 --
obs0.1946 32160 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1833 0 0 250 2083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.0983
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 22 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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