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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hu8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Bacterial Ig-like Domain Containing GH10 Xylanase from Termite Gut | ||||||
![]() | GH10 Xylanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / (alpha/beta)8 barrel / Big2 / glycoside hydrolase / bacterial Ig-like domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Han, Q. / Liu, N. / Robinson, H. / Cao, L. / Qian, C. / Wang, Q. / Xie, L. / Ding, H. / Wang, Q. / Huang, Y. ...Han, Q. / Liu, N. / Robinson, H. / Cao, L. / Qian, C. / Wang, Q. / Xie, L. / Ding, H. / Wang, Q. / Huang, Y. / Li, J. / Zhou, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical characterization and crystal structure of a GH10 xylanase from termite gut bacteria reveal a novel structural feature and significance of its bacterial Ig-like domain. 著者: Han, Q. / Liu, N. / Robinson, H. / Cao, L. / Qian, C. / Wang, Q. / Xie, L. / Ding, H. / Wang, Q. / Huang, Y. / Li, J. / Zhou, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 743.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 613.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 520.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 556.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 143.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 206.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1nq6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51207.707 Da / 分子数: 8 / 断片: GH10 Xylanase catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 2 M ammonium sulfate, 20% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 293766 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1nq6 解像度: 2→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.467 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→49.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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