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- PDB-4hu4: Crystal structure of EAL domain of the E. coli DosP - dimeric form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hu4
タイトルCrystal structure of EAL domain of the E. coli DosP - dimeric form
要素Oxygen sensor protein DosP
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / EAL domain / cyclic di-GMP phosphodiesterase / TIM-barrel / EcDos / direct oxygen sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / response to oxygen levels / oxygen sensor activity / heme binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase/phosphodiesterase / : / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase ...Diguanylate cyclase/phosphodiesterase / : / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxygen sensor protein DosP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Barends, T.R.M. / Hartmann, E. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of the catalytic EAL domain of the Escherichia coli direct oxygen sensor.
著者: Tarnawski, M. / Barends, T.R. / Hartmann, E. / Schlichting, I.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen sensor protein DosP
B: Oxygen sensor protein DosP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7242
ポリマ－65,7242
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Oxygen sensor protein DosP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8621
ポリマ－32,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oxygen sensor protein DosP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8621
ポリマ－32,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.600, 171.170, 48.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oxygen sensor protein DosP / Direct oxygen-sensing phosphodiesterase / Direct oxygen sensor protein / Ec DOS / Heme-regulated ...Direct oxygen-sensing phosphodiesterase / Direct oxygen sensor protein / Ec DOS / Heme-regulated cyclic di-GMP phosphodiesterase /


分子量: 32861.820 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL domain, UNP residues 529-799 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1489, dos, dosP, JW1484, yddU / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76129, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 % PEG 6000, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月23日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 28963 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 94.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.992 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 1224 5.41 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
all0.2368 22645 --
obs0.2368 22645 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.08 Å2 / Biso mean: 35.8263 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 0 116 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7425428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8131494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49590.3949420.33382439248198
2.4959-2.60930.3961970.31292300249792
2.6093-2.74650.3391350.28322423255894
2.7465-2.91810.24151140.26912367248195
2.9181-3.14260.2863890.23912420250996
3.1426-3.45740.26351760.2462360253693
3.4574-3.95440.3111470.23112371251894
3.9544-4.96940.22411500.19442378252894
4.9694-19.99250.28521700.21822367253793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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