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- PDB-4hsb: S. pombe 3-methyladenine DNA glycosylase-like protein Mag2 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hsb
タイトルS. pombe 3-methyladenine DNA glycosylase-like protein Mag2 bound to damaged DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3')
  • Probable DNA-3-methyladenine glycosylase 2
キーワードHydrolase/DNA / Helix-hairpin-Helix / Non-specific DNA-binding motif / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / DNA-(abasic site) binding / base-excision repair, AP site formation / protein-DNA complex / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 ...Endonuclease Iii, domain 2 - #40 / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Alkylbase DNA glycosidase-like protein mag2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Adhikary, S. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2013
タイトル: Non-productive DNA damage binding by DNA glycosylase-like protein Mag2 from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Adhikary, S. / Cato, M.C. / McGary, K.L. / Rokas, A. / Eichman, B.F.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22014年1月1日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable DNA-3-methyladenine glycosylase 2
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4155
ポリマ－31,2023
非ポリマー2122
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.891, 54.891, 153.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Probable DNA-3-methyladenine glycosylase 2 / 3-methyladenine DNA glycosidase 2 / 3MEA DNA glycosylase 2


分子量: 24627.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
遺伝子: SPBC23G7.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O94468, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3290.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3285.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM KCl, 25 mM MgSO4 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月23日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→51.152 Å / Num. all: 22239 / Num. obs: 22239 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.855 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1121 5.05 %
Rwork0.1916 --
obs0.1937 22187 99.77 %
all-22187 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1617 441 14 114 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072157
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1173000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.017848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8911-1.97720.23181400.1962542X-RAY DIFFRACTION99
1.9772-2.08140.2341560.17952569X-RAY DIFFRACTION100
2.0814-2.21170.22231310.16792606X-RAY DIFFRACTION100
2.2117-2.38250.22881380.17142618X-RAY DIFFRACTION100
2.3825-2.62210.221320.1762614X-RAY DIFFRACTION100
2.6221-3.00120.24881590.18972610X-RAY DIFFRACTION100
3.0012-3.780.24911330.19542683X-RAY DIFFRACTION100
3.78-29.85840.22841320.20792824X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.633-0.217-0.39092.1868-0.64264.4852-0.03-0.28610.16220.5433-0.00140.2906-0.3427-0.13860.0230.22580.00410.04470.1609-0.06420.205513.0583-2.1592.5761
22.77830.0839-1.66292.4775-0.01362.7235-0.04160.12770.0451-0.289-0.0601-0.18120.01110.23660.08360.15140.00010.00850.17290.030.133622.4815-6.38-20.8299
32.30080.6041-0.64876.2949-0.05332.2138-0.0516-0.1767-0.21890.24740.03580.21550.2333-0.16380.01050.17010.00580.05780.14820.02150.14512.5378-14.74510.0779
46.5067-1.5443.56181.5273-0.26012.23810.87640.4305-1.37410.8626-0.3237-0.42181.28691.1163-0.52641.83570.262-0.33782.34320.57311.091335.618-26.3944-6.7014
58.54430.11190.21633.28421.89192.6541-0.05680.044-1.45630.25530.0298-0.4111.55320.6341-0.15090.65620.17730.14530.31120.06130.422320.9359-22.8054-21.4294
62.86131.45454.60432.02422.49828.67180.3755-0.5875-1.19030.7383-0.40690.65631.435-0.66230.08880.8210.21360.31360.69040.21760.823422.7932-29.2648-18.591
72.6122.04093.01834.781-1.07957.2248-0.5223-1.8049-0.27992.0264-0.0772-0.8892-0.56790.08590.47171.04360.5071-0.18621.43120.36240.680634.8507-17.5864-7.3516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 209 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 6 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 12 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2 through 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 7 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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