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- PDB-4hrs: Crystal structure of H. volcanii small archaeal modifier protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hrs
タイトルCrystal structure of H. volcanii small archaeal modifier protein 2
要素Small archaeal modifier protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / beta-grasp fold / beta-hinge motif / small ubiquitin-like modifier
機能・相同性protein modification by small protein conjugation / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) / protein tag activity / nucleotide binding / Roll / Alpha Beta / Small archaeal modifier protein 2
機能・相同性情報
生物種Haloferax volcanii DS2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hao, B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the ubiquitin-like small archaeal modifier protein 2 from Haloferax volcanii.
著者: Li, Y. / Maciejewski, M.W. / Martin, J. / Jin, K. / Zhang, Y. / Maupin-Furlow, J.A. / Hao, B.
履歴
登録2012年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small archaeal modifier protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2081
ポリマ－7,2081
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Small archaeal modifier protein 2

A: Small archaeal modifier protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4162
ポリマ－14,4162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.605, 64.603, 104.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Small archaeal modifier protein 2 / SAMP 2 / Ubiquitin-like small archaeal modifier protein 2


分子量: 7207.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii DS2 (古細菌) / 株: DS70 / 遺伝子: HVO_0202 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D4GZE7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM bis-tris-propane-HCl (pH 6.8), 25-30% (w/v) PEG 400, 0.2 M MgCl2, 0.1 M KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→54.96 Å / Num. all: 5845 / Num. obs: 5594 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 239 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CS-Rosetta model

解像度: 2.3→54.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.87 / SU ML: 0.139 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25365 186 4.7 %RANDOM
Rwork0.21488 ---
all0.255 3825 --
obs0.21682 3771 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.593 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.18 Å20 Å20 Å2
2--41.49 Å20 Å2
3----17.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数482 0 0 34 516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.982682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8483783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.874567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3052420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4641580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.362155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5883333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2733135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1575544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8848165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.05811138
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.529 13 -
Rwork0.242 255 -
obs-255 97.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.5391 Å / Origin y: 26.8931 Å / Origin z: 14.9536 Å
111213212223313233
T0.0895 Å20.0178 Å20.0003 Å2-0.1685 Å20.03 Å2---0.0098 Å2
L1.0896 °20.4866 °20.3713 °2-2.1591 °20.4262 °2--0.3239 °2
S0.0608 Å °-0.0267 Å °-0.0335 Å °-0.0944 Å °-0.0828 Å °0.0672 Å °-0.0188 Å °-0.0382 Å °0.022 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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