[日本語] English
万見
- PDB-4hro: Crystal structure of H. volcanii small archaeal modifier protein 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hro
タイトルCrystal structure of H. volcanii small archaeal modifier protein 1
要素Small archaeal modifier protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / beta-grasp / small ubiquitin-like modifier
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase complex / protein modification by small protein conjugation / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein tag activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / MoaD, archaeal-type / Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small archaeal modifier protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax volcanii DS2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Hao, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of H. volcanii small archaeal modifier protein 1
著者: Li, Y. / Maciejewski, M.W. / Jin, K. / Martin, J. / Zhang, Y. / Lu, M. / Maupin-Furlow, J.A. / Hao, B.
履歴
登録2012年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Small archaeal modifier protein 1
B: Small archaeal modifier protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6217
ポリマ－18,4202
非ポリマー2005
水6,017334
1
A: Small archaeal modifier protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3304
ポリマ－9,2101
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Small archaeal modifier protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2903
ポリマ－9,2101
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.928, 43.050, 61.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Small archaeal modifier protein 1 / SAMP 1 / Ubiquitin-like small archaeal modifier protein 1


分子量: 9210.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii DS2 (古細菌) / 株: DS70 / 遺伝子: HVO_2619 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D4GUF6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Na cacodylate (pH 6.5), 15-20% (w/v) PEG 8000, 0.2 M Ca acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. all: 51004 / Num. obs: 50290 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2295 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→35.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.899 / SU ML: 0.02 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16636 2547 5.1 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
all0.166 50290 --
obs0.14004 47731 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20.05 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→35.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 5 334 1613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.951881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83732073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8895190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.55325.29468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.06615189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.863158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1051.5912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.371.5380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75121440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5133459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8384.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.97532217
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 186 -
Rwork0.178 3335 -
obs-3335 94.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る