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- PDB-5ia8: Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ia8
タイトルStructure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1
キーワードCELL CYCLE / Ubiquitin like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / negative regulation of protein import into nucleus ...UFM1 activating enzyme activity / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / negative regulation of protein import into nucleus / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / brain development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin fold modifier 1 protein / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin fold modifier 1 protein / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Oweis, W. / Padala, P. / Wiener, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
BSF イスラエル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Novel insights into the interaction of UBA5 with UFM1 via a UFM1-interacting sequence.
著者: Padala, P. / Oweis, W. / Mashahreh, B. / Soudah, N. / Cohen-Kfir, E. / Todd, E.A. / Berndsen, C.E. / Wiener, R.
履歴
登録2016年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1502
ポリマ－21,1502
非ポリマー00
水91951
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5751
ポリマ－10,5751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5751
ポリマ－10,5751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.940, 46.940, 201.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: -11 - 77 / Label seq-ID: 3 - 91

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1


分子量: 10575.112 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 334-346,UNP residues 1-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UFM1, C13orf20, BM-002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E7EQ61, UniProt: P61960, UniProt: Q9GZZ9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.3 Å / Num. obs: 16255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5iaa

5iaa


解像度: 2→50.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.074 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23627 854 5.3 %RANDOM
Rwork0.22133 ---
obs0.22212 15330 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.67 Å2-0 Å2
3----3.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→50.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 0 51 1445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.9721943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2233245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1895180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7132552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00215239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.768154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3372.329726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3382.33725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5553.479904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5533.479905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2852.698700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2832.698701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0873.8881040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.74918.4991490
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.74218.3341478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9480 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 67 -
Rwork0.284 1106 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71780.2897-0.03481.08650.5316.1370.129-0.05650.1350.02640.0169-0.0151-0.29390.2595-0.14590.0513-0.00670.06030.02790.00140.088316.1136.1887.924
25.23230.2721-0.74190.6042-0.45533.5140.21570.1291-0.5971-0.1067-0.11360.11360.3916-0.007-0.1020.11860.0321-0.03740.0318-0.03520.1571-0.378-7.23710.559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-13 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2B-11 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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