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- PDB-5jhj: M. Oryzae effector AVR-Pia mutant H3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jhj
タイトルM. Oryzae effector AVR-Pia mutant H3
要素Antivirulence protein AVR-Pia
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Avirulence effector Magnaporthe Oryzae / Structure from MOLMOL / RGA5-BINDING PROTEIN
機能・相同性Antivirulence protein AVR-Pia
機能・相同性情報
生物種Magnaporthe oryzae (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Padilla, A. / deGuillen, K.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR- 10-INSB-05-0 フランス
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2017
タイトル: Recognition of the Magnaporthe oryzae Effector AVR-Pia by the Decoy Domain of the Rice NLR Immune Receptor RGA5.
著者: Ortiz, D. / de Guillen, K. / Cesari, S. / Chalvon, V. / Gracy, J. / Padilla, A. / Kroj, T.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年2月28日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details
Item: _pdbx_nmr_exptl.conditions_id
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antivirulence protein AVR-Pia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8301
ポリマ－10,8301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Antivirulence protein AVR-Pia


分子量: 10830.049 Da / 分子数: 1 / 変異: F24S, T46N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (菌類) / 遺伝子: AVR-Pia / Variant: H3 allele / プラスミド: PET-SP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9RX08
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-1H TOCSY
152isotropic22D 1H-13C HSQC
162isotropic22D 1H-13C TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-15N] AVR-Pia-H315N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] AVR-Pia-H315N_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAVR-Pia-H3[U-15N]1
1 mMAVR-Pia-H3[U-15N]2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.4 / 圧: 1 bar / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpin3.2Bruker Biospinchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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