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- PDB-4hqq: Crystal structure of RV144-elicited antibody CH58 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqq
タイトルCrystal structure of RV144-elicited antibody CH58
要素
  • CH58 Fab heavy chain
  • CH58 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Haynes, B.F. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Vaccine Induction of Antibodies against a Structurally Heterogeneous Site of Immune Pressure within HIV-1 Envelope Protein Variable Regions 1 and 2.
著者: Liao, H.X. / Bonsignori, M. / Alam, S.M. / McLellan, J.S. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Kozink, D.M. / Hwang, K.K. / Chen, X. / Tsao, C.Y. / Liu, P. / Lu, X. / Parks, R.J. / Montefiori, D.C. ...著者: Liao, H.X. / Bonsignori, M. / Alam, S.M. / McLellan, J.S. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Kozink, D.M. / Hwang, K.K. / Chen, X. / Tsao, C.Y. / Liu, P. / Lu, X. / Parks, R.J. / Montefiori, D.C. / Ferrari, G. / Pollara, J. / Rao, M. / Peachman, K.K. / Santra, S. / Letvin, N.L. / Karasavvas, N. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Pancera, M. / Gorman, J. / Wiehe, K. / Nicely, N.I. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Tartaglia, J. / Sinangil, F. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Kepler, T.B. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Pinter, A. / Zolla-Pazner, S. / Haynes, B.F.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH58 Fab heavy chain
L: CH58 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1892
ポリマ－48,1892
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.949, 70.440, 135.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CH58 Fab heavy chain


分子量: 25035.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CH58 Fab light chain


分子量: 23154.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 38% (w/v) PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium phosphate-citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日
放射モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 24300 / Num. obs: 23741 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3H0T 3UJJ

3h0t

3ujj


解像度: 2.4→25.843 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1219 5.15 %random
Rwork0.1831 ---
obs0.1852 23681 97.51 %-
all-24286 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3232 0 0 191 3423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8714521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3311174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49620.3268980.24872158X-RAY DIFFRACTION86
2.4962-2.60970.25721430.2352404X-RAY DIFFRACTION95
2.6097-2.74710.27951200.23062486X-RAY DIFFRACTION99
2.7471-2.9190.26011390.22432514X-RAY DIFFRACTION99
2.919-3.14410.24851290.21472544X-RAY DIFFRACTION99
3.1441-3.45980.25491340.18822521X-RAY DIFFRACTION100
3.4598-3.95890.20621690.1812536X-RAY DIFFRACTION100
3.9589-4.98190.1981450.14092591X-RAY DIFFRACTION100
4.9819-25.8430.20241420.16822708X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4177-0.84312.38681.5811-0.18832.6847-0.11790.06470.0634-0.07450.0185-0.1001-0.13510.07230.09110.2176-0.01010.03020.2865-0.01430.273-10.3777-9.928-2.4758
23.5504-1.9739-3.2334.58173.87988.18420.0505-0.1011-0.11690.4335-0.07870.2182-0.062-0.29150.01690.37380.04260.00110.2884-0.02260.317-5.2656-3.861233.186
34.32870.31561.89515.6005-0.06994.4165-0.4749-0.00140.6216-0.32030.2651-0.1478-0.9821-0.10880.12090.5724-0.0021-0.08340.31810.01820.4615-11.532412.5358-4.4752
45.3276-0.51151.62097.68720.92926.84370.10130.032-0.174-0.57410.0012-0.3747-0.55270.2712-0.07820.4956-0.03590.0640.274-0.03710.30666.30587.915330.0419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:121 )H1 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 122:214 )H122 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:112 )L1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 113:208 )L113 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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