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- PDB-4hqj: Crystal structure of Na+,K+-ATPase in the Na+-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqj
タイトルCrystal structure of Na+,K+-ATPase in the Na+-bound state
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Na+/K+ transport / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / transporter activator activity / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / transporter activator activity / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of calcium ion transmembrane transport / ion channel regulator activity / intracellular potassium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sperm flagellum / intercalated disc / lateral plasma membrane / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / ATPase binding / regulation of gene expression / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. ...: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / CHOLESTEROL / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Nyblom, M. / Reinhard, L. / Gourdon, P. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Na+, K(+)-ATPase in the Na(+)-bound state.
著者: Nyblom, M. / Poulsen, H. / Gourdon, P. / Reinhard, L. / Andersson, M. / Lindahl, E. / Fedosova, N. / Nissen, P.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,25223
ポリマ－310,0726
非ポリマー3,18017
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,43311
ポリマ－155,0363
非ポリマー1,3978
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area57610 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,81912
ポリマ－155,0363
非ポリマー1,7839
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area58240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.073, 219.578, 261.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 32:258 OR RESSEQ 273:397 OR RESSEQ 403:822 OR RESSEQ 827:1016 )
211CHAIN C AND (RESSEQ 32:258 OR RESSEQ 273:397 OR RESSEQ 403:822 OR RESSEQ 827:1016 )
112CHAIN B AND (RESSEQ 22:167 OR RESSEQ 169:193 OR RESSEQ 197:303 )
212CHAIN D AND (RESSEQ 22:167 OR RESSEQ 169:193 OR RESSEQ 197:303 )
113CHAIN G AND (RESSEQ 23:47 )
213CHAIN E AND (RESSEQ 23:47 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112797.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35144.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GE

#3: タンパク質 Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
非ポリマー , 5種, 17分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P05027, AT1B1_PIG) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: F -> S (IN ...THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P05027, AT1B1_PIG) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: F -> S (IN REF. 1; CAA27575).

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.68 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19% PEG2KMME, 150mM NaCl, 6% glycerol, 6% MPD, 25mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンSLS X06SA21.1008
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2010年11月19日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2010年8月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator, Crystal type Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator, Crystal type Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.10081
反射解像度: 4.3→55 Å / Num. all: 43619 / Num. obs: 43585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 4.3 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
remdaq.pilatusデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 4.3→11.999 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 31.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2878 2080 5.02 %RANDOM
Rwork0.2612 ---
all0.2625 ---
obs0.2626 41407 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→11.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20359 0 212 0 20571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12528551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.667782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0833236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053640
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A7468X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C7468X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
21B2271X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D2271X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
31G188X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32E188X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
4.3001-4.39530.3741470.36722576
4.3953-4.49950.34741320.34092604
4.4995-4.61450.37311390.33752586
4.6145-4.74210.3391410.33132614
4.7421-4.88520.31721300.32522592
4.8852-5.04720.31461380.32362586
5.0472-5.23310.37391350.32682625
5.2331-5.44990.37341390.32522627
5.4499-5.70770.32991420.31052604
5.7077-6.02240.35821360.30222610
6.0224-6.42050.32731360.27682646
6.4205-6.95030.27841420.25332622
6.9503-7.7140.24711390.21722664
7.714-8.98490.20631420.18322663
8.9849-11.99950.20091420.1682708
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3946-0.86990.75157.38820.40588.71640.495-0.8160.33660.6679-0.3546-0.0532-0.4799-0.0501-0.23790.9006-0.06440.11531.36360.01191.372641.668956.796922.6695
21.6902-0.93664.31936.17010.03167.39530.195-0.2356-0.13730.0475-0.310.4811-0.4343-0.35050.23150.91860.02380.20661.27310.23751.183310.493742.37215.9748
36.89641.51540.42526.58531.51774.8494-0.6511.4376-0.0117-1.09680.4692-0.4533-0.45820.65420.15181.1008-0.0574-0.01251.47230.01130.975230.739840.5525-5.433
43.20040.3623-2.06872.38861.44675.36060.0422-0.16220.26731.16540.10530.30250.4054-0.1888-0.18561.74820.19450.24151.1660.29971.07833.648643.063262.1198
58.1454-2.9524-4.53497.79826.11365.4867-1.9714-0.1144-0.2117-0.2135-1.88153.2318-0.2136-0.82961.97181.0788-0.77210.15321.3220.25442.371722.639843.67956.73
65.20890.4639-0.36292.6442-1.10296.33950.1835-0.1242-0.27190.32550.09620.13670.02881.1-0.29991.5615-0.1435-0.11811.9234-0.31181.83574.621982.537311.576
75.18072.58362.12396.749-0.2280.8341-0.20270.9386-0.5404-0.09840.5478-1.3387-0.39321.6247-0.37391.7817-0.33410.32.5435-0.66561.821727.8225105.422424.1583
86.7841.3599-2.36961.95530.90162.47070.01251.26530.0997-1.50960.6327-0.9597-1.00390.859-0.78143.0817-0.60010.63043.5248-0.50412.365728.022101.4099-5.1586
92.4133-0.4184-1.3672.3617-0.08019.04130.3173-0.00580.07330.52590.21070.1749-0.22670.2513-0.37851.6534-0.18960.24251.4026-0.37911.37971.0401106.644662.3371
103.55163.3526-0.04354.01322.10115.59140.0313-3.9711.93820.9981-2.8350.0205-1.52480.3433.3522.5668-0.7683-0.40832.6552-0.43532.541225.9662100.81369.7959
116.22820.05893.72823.5383-2.46585.31730.27311.81910.56410.3067-2.2126-0.327-0.29131.37041.85082.04660.57040.57031.90580.05531.8909-18.655641.558458.6032
123.20170.13-0.28041.46641.83593.740.2567-1.0636-0.1181.2226-0.3616-0.04160.47590.06020.04674.105-0.26510.68192.64430.16292.3057-11.041247.444107.7523
130.0887-0.3211-0.2350.9521-0.15136.71150.29550.260.0955-0.237-0.23390.3805-0.1319-0.05240.012.8932-0.2546-0.0218-0.25932.88364.27623.394225.829370.3844
141.9923-0.973-0.520.6852.40079.3429-1.65222.64911.17270.31340.8018-1.65420.4235-1.09470.67064.6915-0.94330.39041.73690.85622.9158-12.111127.52772.1966
155.7241-0.8363-2.38325.61474.67324.227-0.30510.29050.87020.0474-0.30060.82973.0004-0.49060.35512.2388-0.013-0.08131.28880.26841.60112.026326.48574.6818
164.6097-4.2183-2.76337.44251.99379.04380.7857-0.5588-0.82250.0231-1.1560.4138-0.74221.58630.15122.0163-0.4523-0.01042.2491-0.19771.362518.5523114.211474.0821
172.35930.021-0.88893.9618-0.64352.5494-0.0042-0.6307-0.08030.8923-0.28511.11740.3018-0.2460.23593.4353-0.11620.78472.5624-0.19362.4163-19.2097105.8178105.8344
184.06171.4825-4.43890.9819-0.91566.00520.50680.08540.435-0.0987-1.89852.94050.81310.45210.75723.7763-0.4911-1.4742.6607-0.05174.31819.2441105.329667.8827
194.7785-1.9144-5.92411.14012.24747.31321.00840.05110.02840.9055-0.61410.28410.90140.50250.63153.94851.572-0.4271.4279-2.14471.5147-8.8666123.287365.3669
202.98-0.99461.21363.7443-4.12314.48470.03520.45561.84340.0553-1.1838-1.47590.21220.0980.22944.72371.4672-1.37482.4703-0.78674.36711.0979127.086674.706
212.84652.15651.9393.6475-1.83455.3010.49880.0891-0.42630.6014-0.15971.23850.9322-0.9362-0.72132.60750.19940.26031.7139-0.00442.0159-17.7531119.718365.0498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 32:91 OR RESID 158:274)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 348:376 OR RESID 590:747)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 377:589)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 92:157 OR RESID 275:347 OR RESID 748:1016 OR RESID 1104:1106)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 1101:1103)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 30:91 OR RESID 158:274)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 348:376 OR RESID 590:747)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 377:589)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 92:157 OR RESID 275:347 OR RESID 748:1016 OR RESID 1104:1106)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESID 1101:1103)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 22:64)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 65:303)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESID 1107:1107)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN A AND (RESID 1108:1108)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN G
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESID 22:64)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 65:303)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 400:400)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 1107:1107)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESID 1108:1108)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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