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- PDB-4hpk: Crystal structure of Clostridium histolyticum colg collagenase co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpk
タイトルCrystal structure of Clostridium histolyticum colg collagenase collagen-binding domain 3B at 1.35 Angstrom resolution in presence of calcium nitrate
要素(Collagenase) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Beta-sandwich jelly-roll / Collagen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #380 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain ...Jelly Rolls - #380 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Collagenase ColG
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium histolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Philominathan, S.T.L. / Wilson, J.J. / Bauer, R. / Matsushita, O. / Sakon, J.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Structural Comparison of ColH and ColG Collagen-Binding Domains from Clostridium histolyticum.
著者: Bauer, R. / Wilson, J.J. / Philominathan, S.T. / Davis, D. / Matsushita, O. / Sakon, J.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagenase
B: Collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7618
ポリマ－26,5032
非ポリマー2586
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.866, 59.170, 48.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Collagenase


分子量: 12996.354 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1006-1118 / 変異: P892L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium histolyticum (バクテリア)
遺伝子: colG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X721
#2: タンパク質 Collagenase


分子量: 13506.894 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 999-1118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium histolyticum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X721

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非ポリマー , 4種, 292分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25-27% PEG 3350, 100mM Sodium acetate, 600mM LiCl, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.98045 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→16.61 Å / Num. obs: 50130 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.057
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.35-1.413.2
1.4-1.4514.1
1.45-1.5214.6
1.52-1.614.7
1.6-1.714.8
1.7-1.8314.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.35→16.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.712 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 2545 5.1 %RANDOM
Rwork0.17872 ---
obs0.18033 47586 99.75 %-
all-47586 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→16.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 9 286 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9712524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71133174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8865225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11525.81698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.22715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.743157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.33721172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6222462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94631805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5663.5829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1154.5716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.14831993
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.74133
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.48931833
LS精密化 シェル解像度: 1.349→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 175 -
Rwork0.309 3422 -
obs--97.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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