PDB-4hou: Crystal Structure of N-terminal Human IFIT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hou

タイトル

Crystal Structure of N-terminal Human IFIT1

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / TPR / RNA binding / antiviral / RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA sequestering activity / intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of viral translation / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / enzyme inhibitor activity / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / antiviral innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for viral 5'-PPP-RNA recognition by human IFIT proteins.
著者: Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.

履歴

登録	2012年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hou.cif.gz	220.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hou.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hou_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hou_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	4hou_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	4hou_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hoqC 4horC 4hosC 4hotC 4hop C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c8l-d 6c3l-d 2ps3-1 6ew8-1 4q5t-d 3cx3-1 1nhc-6 1pe8-d 3vv0-d 7jj8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

63.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.470, 176.952, 55.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / IFI-56K / P56 分子量: 31938.279 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal human IFIT1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G10P1, IFI56, IFIT1, IFIT1/ISG56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 45919 / Num. obs: 45919 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→30.521 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	2630	5.94 %
R_work	0.2016	-	-
obs	0.2036	44239	95.59 %
all	-	46869	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4046	0	0	238	4284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	5554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.219	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	713

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9302-1.9653	0.2874	70	0.2527	1632	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9653-2.0031	0.2773	140	0.2368	1986	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0031-2.044	0.2635	127	0.2191	2100	X-RAY DIFFRACTION	91
2.044-2.0884	0.2899	124	0.2208	2151	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0884-2.137	0.2791	146	0.2088	2151	X-RAY DIFFRACTION	95
2.137-2.1904	0.2602	126	0.2026	2201	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1904-2.2496	0.2259	119	0.1947	2206	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2496-2.3158	0.234	141	0.1979	2248	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3158-2.3905	0.2638	137	0.2017	2260	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3905-2.4759	0.2419	132	0.1995	2218	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4759-2.575	0.2182	128	0.2104	2285	X-RAY DIFFRACTION	98
2.575-2.6922	0.235	163	0.2036	2219	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6922-2.834	0.2604	146	0.2084	2245	X-RAY DIFFRACTION	99
2.834-3.0114	0.2596	153	0.2311	2271	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0114-3.2437	0.2481	143	0.2164	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2437-3.5697	0.2613	159	0.2013	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5697-4.0851	0.2301	150	0.185	2296	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0851-5.1429	0.2014	154	0.1775	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1429-30.5244	0.1956	172	0.2062	2286	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8403	-0.8821	0.6725	5.916	1.1603	5.0441	-0.1623	-0.328	0.5103	0.1869	0.0932	0.0475	-0.3297	-0.0163	0.0545	0.1643	0.0055	-0.0045	0.1776	-0.0103	0.2122	-31.8701	6.8818	19.1146
2	1.24	0.0916	0.1224	5.0507	1.176	0.6887	-0.0741	-0.076	0.2798	-0.1709	-0.116	0.9647	-0.0485	-0.1503	0.1674	0.1982	0.0315	-0.0254	0.3091	-0.0113	0.3825	-42.0621	20.5598	17.9124
3	2.1265	-2.4532	0.3716	8.4091	1.4381	6.7125	-0.249	-0.4608	-0.6311	0.1712	0.3866	0.6509	0.8297	-0.3268	0.1262	0.2362	-0.0575	-0.0104	0.4083	0.0416	0.362	-25.1546	36.2505	23.762
4	5.2124	-0.4915	0.8048	6.0369	-1.2727	5.7293	0.0025	0.251	0.0514	-0.0647	0.1417	-0.1062	0.0104	-0.071	-0.1609	0.2672	0.0058	0.0173	0.2401	-0.0321	0.1707	-28.4293	-13.9469	1.8667
5	6.72	-0.2014	-1.631	6.4188	1.8694	6.8361	-0.2543	-0.1126	-0.1897	0.3721	0.4056	-0.8679	0.473	1.0428	-0.0987	0.2441	0.0816	-0.0739	0.3384	-0.0154	0.2715	-16.5485	-16.1999	7.0208
6	3.4159	-0.174	0.0548	5.7101	2.0194	4.6074	-0.0557	0.2301	0.1209	-0.3799	0.1829	-0.5596	-0.0298	0.6011	-0.1022	0.2384	-0.0193	0.0369	0.2261	0.0087	0.2161	-21.2105	-6.4448	-0.1855
7	1.7936	-1.957	0.4163	8.3003	-0.1282	2.1371	0.2048	0.203	-0.1211	-0.906	-0.0904	0.2257	-0.0789	-0.0225	-0.1091	0.3182	0.0187	-0.0195	0.2247	-0.0421	0.2248	-28.2419	-26.871	-4.3353
8	2.5127	-2.5488	1.2182	4.5107	1.5194	4.5211	0.1145	0.0482	-0.3153	-0.411	-0.164	0.3914	0.5266	-0.4412	0.0681	0.4483	-0.0171	-0.0429	0.2649	-0.0066	0.194	-26.0781	-44.1076	-4.9803
9	6.1942	1.3027	1.0657	9.1058	0.0162	5.254	0.1665	-0.0845	-0.5994	-0.6842	0.0689	-0.0163	0.7451	-0.1039	-0.1783	0.3976	0.024	-0.0479	0.2898	0.0281	0.2379	-19.5803	-49.0037	1.8713
10	7.6308	-1.1911	1.6631	9.6797	0.1295	2.129	-0.2485	0.2767	0.8725	-0.5103	0.6048	-0.2149	-0.9793	-0.4589	-0.3156	0.4435	-0.0251	-0.004	0.4459	0.066	0.2511	-16.0701	-45.9947	13.0545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 107 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 246 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 247 through 278 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 47 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 48 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 127 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 191 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 192 through 216 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 217 through 245 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 246 through 278 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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