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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hn3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a sex pheromone precursor (lmo1757) from Listeria monocytogenes EGD-e | ||||||
![]() | Lmo1757 protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | sex pheromone staph- cam373 precursor fold / sex pheromone staph- cam373 precursor domain / CamS sex pheromone cAM373 / CamS sex pheromone cAM373 precursor / Roll / Alpha Beta / BETA-MERCAPTOETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lmo1757 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a sex pheromone precursor (lmo1757) from Listeria monocytogenes EGD-e 著者: Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 541.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 462.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 494.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B, the chain C and D form dimers, respectively. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39341.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: EGD-e / 遺伝子: lmo1757 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M Na2HPO4:Citric Acid, 40%(w/v) PEG300, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→36.1 Å / Num. all: 97717 / Num. obs: 97717 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 34.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4855 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.372 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.047→36.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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