PDB-4hn3: The crystal structure of a sex pheromone precursor (lmo1757) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hn3

タイトル

The crystal structure of a sex pheromone precursor (lmo1757) from Listeria monocytogenes EGD-e

要素

Lmo1757 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

sex pheromone staph- cam373 precursor fold / sex pheromone staph- cam373 precursor domain / CamS sex pheromone cAM373 / CamS sex pheromone cAM373 precursor / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.047 Å

データ登録者

Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a sex pheromone precursor (lmo1757) from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	4hn3_validation.cif.gz	83.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hn3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1qh4-1 1gy8-1 1i3n-d 5xjt-d 5m08-d 5nof-d 4bf2-d 6zd2-d 4lnl-d 3ftb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05558

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo1757 protein

B: Lmo1757 protein

C: Lmo1757 protein

D: Lmo1757 protein

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lmo1757 protein

B: Lmo1757 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lmo1757 protein

D: Lmo1757 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.085, 99.318, 104.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B, the chain C and D form dimers, respectively.

#1: タンパク質	Lmo1757 protein / Sex pheromone precursor 分子量: 39341.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo1757 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8Y6D1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M Na2HPO4:Citric Acid, 40%(w/v) PEG300, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→36.1 Å / Num. all: 97717 / Num. obs: 97717 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4855 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.047→36.013 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2207	4871	5 %	random
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	97500	99.07 %	-
all	-	97500	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.372 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2627 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.9089 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.6461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.047→36.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10381	0	145	545	11071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10749
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	14546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.796	4015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0466-2.0698	0.2619	149	0.2161	2981	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0698-2.0942	0.313	182	0.2287	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0942-2.1197	0.2797	147	0.228	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1197-2.1465	0.3072	138	0.2172	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1465-2.1748	0.242	151	0.2036	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1748-2.2046	0.2811	161	0.2021	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2046-2.2361	0.2668	166	0.2034	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2361-2.2694	0.2864	171	0.2025	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2694-2.3049	0.2724	163	0.1948	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3049-2.3427	0.2279	152	0.1937	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3427-2.3831	0.2857	147	0.1942	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3831-2.4264	0.2542	170	0.2004	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4264-2.473	0.273	166	0.1932	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.5235	0.2532	152	0.1988	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5235-2.5784	0.23	163	0.1908	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6383	0.2177	165	0.1875	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6383-2.7043	0.2647	167	0.1945	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7043-2.7774	0.2461	162	0.2001	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7774-2.8591	0.2413	165	0.1927	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8591-2.9513	0.2314	165	0.1924	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9513-3.0567	0.2426	162	0.1952	3099	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0567-3.179	0.2363	169	0.1952	3079	X-RAY DIFFRACTION	99
3.179-3.3236	0.2388	162	0.1974	3090	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3236-3.4987	0.2432	167	0.1892	3106	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4987-3.7177	0.2011	153	0.1726	3113	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7177-4.0044	0.2065	157	0.1583	3128	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0044-4.4068	0.1718	164	0.1423	3090	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4068-5.043	0.1657	174	0.1385	3108	X-RAY DIFFRACTION	98
5.043-6.3479	0.192	176	0.1751	3127	X-RAY DIFFRACTION	98
6.3479-36.0185	0.2013	185	0.1901	3206	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4949	0.2545	-0.6946	1.8745	-0.4292	2.1608	0.0503	0.0646	0.1089	-0.0552	0.0311	0.0126	0.0326	0.0857	-0.0491	0.1222	0.0263	-0.0022	0.176	-0.0083	0.1571	110.4147	20.1049	77.1864
2	5.2817	-2.6427	-3.2402	3.0504	1.5793	4.2168	-0.0754	0.0367	-0.1798	0.1546	0.0669	0.2074	0.1369	-0.1565	-0.0142	0.23	-0.0183	-0.0125	0.1642	-0.0071	0.1544	96.6816	14.4164	100.1446
3	1.8832	-0.1187	-0.4523	2.4602	0.4945	2.7794	-0.3447	-0.3787	-0.3337	0.452	0.1189	0.391	0.4457	0.0319	0.093	0.3409	0.0662	0.1816	0.2878	0.0354	0.2756	74.7289	21.6045	112.5272
4	2.2424	-0.0323	-0.5804	2.2661	0.1875	1.0844	-0.1406	-0.2468	0.0167	0.1423	-0.0356	0.2818	0.0866	-0.1431	0.0109	0.2187	0.0668	0.0651	0.1957	-0.0203	0.1169	74.7575	35.8477	109.1771
5	5.1348	-1.8616	-3.3956	2.4646	2.4854	3.3031	0.0841	-0.1989	0.4739	-0.0696	0.2116	-0.2495	-0.1323	0.2302	-0.2354	0.1734	0.0073	-0.0039	0.2127	-0.0039	0.2183	97.8711	34.5434	97.8795
6	2.6597	-0.2655	-0.4939	2.29	-0.1142	3.1967	0.0209	0.0595	0.4266	0.1118	0.0035	0.125	-0.3949	-0.2742	-0.0031	0.1626	0.0001	0.0384	0.1298	-0.0397	0.2565	40.4754	30.7473	79.6486
7	1.1088	-0.3246	-0.3205	2.5421	0.6082	2.9806	0.0533	-0.1195	-0.0002	0.1553	-0.0314	0.2583	0.2202	-0.2529	-0.0118	0.1984	-0.0575	0.0061	0.2026	0.0264	0.237	41.3226	16.2426	79.3651
8	4.0557	2.3161	-1.7418	2.6707	-0.9954	4.1321	0.1213	0.0438	-0.053	0.0128	-0.0371	-0.1373	0.1957	0.3059	-0.1174	0.2014	0.0376	-0.0412	0.1628	0.0245	0.1322	54.4584	16.3843	56.7573
9	1.599	0.1484	-0.4274	1.8236	0.5844	2.2873	0.1263	-0.1558	-0.0004	-0.0279	0.2203	-0.4248	-0.1549	0.5426	-0.1447	0.0786	-0.079	0.0558	0.4575	-0.0959	0.1325	79.9	23.6534	45.3031
10	2.4756	-0.4421	-0.7211	4.3425	1.4422	2.063	0.1484	0.1432	0.5764	-0.3182	0.1523	0.1541	-0.5537	0.2935	-0.2583	0.3821	-0.1637	0.0864	0.3453	0.0469	0.361	72.2076	37.8588	47.1164
11	4.4922	1.2518	-3.2393	3.385	-1.1834	3.4977	0.2757	0.2499	0.8387	0.0817	0.1349	0.3025	-0.5763	-0.0495	-0.3355	0.2618	-0.0194	0.0191	0.214	0.0669	0.3587	55.4482	36.3577	59.3484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 40:286)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 287:371)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 38:169)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 170:286)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 287:371)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 41:160)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 161:286)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 287:371)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 39:209)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 210:286)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 287:371)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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