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- PDB-4hkz: Trastuzumab Fab complexed with Protein L and Protein A fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hkz
タイトルTrastuzumab Fab complexed with Protein L and Protein A fragments
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • Protein L fragment
  • Trastuzumab heavy chain
  • Trastuzumab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / cancer therapeutic
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / immunoglobulin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat ...Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A / Protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
FINEGOLDIA MAGNA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Avery, K.N. / Zer, C. / Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
著者: Donaldson, J.M. / Zer, C. / Avery, K.N. / Bzymek, K.P. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trastuzumab light chain
B: Trastuzumab heavy chain
H: Immunoglobulin G-binding protein A
E: Protein L fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8415
ポリマ－59,8054
非ポリマー351
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.520, 104.670, 117.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#4: タンパク質 Protein L fragment


分子量: 6850.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FINEGOLDIA MAGNA (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918*PLUS

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抗体 , 3種, 3分子 ABH

#1: 抗体 Trastuzumab light chain


分子量: 23362.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Trastuzumab heavy chain


分子量: 23554.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 6037.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: spa, SAV0111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A015

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非ポリマー , 2種, 558分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50 mM Hepes, 20% PEG 3350, 100 mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→47.81 Å / Num. all: 40478 / Num. obs: 40077 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→47.81 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 2003 5 %random
Rwork0.162 ---
obs0.1643 40076 99.02 %-
all-40478 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4200 0 1 557 4758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0666030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4591628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.1320.26261300.22072485X-RAY DIFFRACTION92
2.132-2.18960.25561400.20262645X-RAY DIFFRACTION98
2.1896-2.25410.24421400.19942688X-RAY DIFFRACTION100
2.2541-2.32680.26661420.19232701X-RAY DIFFRACTION100
2.3268-2.410.22341430.18722721X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.50650.27171430.18842703X-RAY DIFFRACTION100
2.5065-2.62050.25461430.18422712X-RAY DIFFRACTION100
2.6205-2.75870.24851420.18082709X-RAY DIFFRACTION99
2.7587-2.93150.22121440.17632740X-RAY DIFFRACTION100
2.9315-3.15780.21581450.17372751X-RAY DIFFRACTION100
3.1578-3.47550.19341440.1532731X-RAY DIFFRACTION100
3.4755-3.97820.17541440.13992747X-RAY DIFFRACTION100
3.9782-5.01130.14341480.11622813X-RAY DIFFRACTION100
5.0113-47.82330.20391550.16252927X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52620.6263-0.63391.473-1.42213.1794-0.00150.0197-0.07110.0463-0.0139-0.02420.0710.1150.01310.06540.02640.00530.1241-0.01730.1305-14.7556-30.527811.3986
21.8352-1.4327-0.7744.10760.63223.11210.0777-0.11520.11290.44660.20910.5077-0.4153-0.3402-0.26020.33280.02880.09690.23390.06210.2184-32.8511-27.881842.3286
39.8861.2728-2.31471.12160.67643.8454-0.498-1.1027-0.22840.56560.4003-0.057-0.15830.1590.14510.22930.0066-0.01740.0661-0.0240.1484-18.6491-4.800818.3059
44.794-4.7735-1.64915.17782.77443.24150.0363-0.18350.2610.02220.0868-0.2998-0.28550.3645-0.15420.1525-0.0701-0.00610.1087-0.00180.19-8.5537-4.004111.1736
52.6492-0.7469-0.85493.7082-0.73273.49830.03640.11910.0838-0.1121-0.05110.0443-0.183-0.04610.02640.10760.0174-0.00160.0998-0.03330.0882-17.5571-6.96226.3592
61.9162-2.5897-1.34484.40330.3662.7653-0.12170.1482-0.32590.22310.06270.4448-0.0352-0.12470.06190.0942-0.0215-0.01020.1052-0.01050.1312-22.0292-9.513112.2132
70.26360.4438-0.29531.1613-1.39793.24750.0928-0.1243-0.02290.5328-0.0113-0.02-0.4388-0.026-0.07230.3681-0.0089-0.00380.14850.0110.1925-21.6064-16.554934.0382
83.3292-1.97672.66861.1941-1.87145.58370.0886-0.2210.41231.1306-0.1941-0.5256-0.72040.04840.18130.7907-0.0964-0.11520.2527-0.02250.2395-18.861-11.333144.8992
96.25262.54040.99412.22520.44421.08160.08071.78270.1017-1.0165-0.3471-0.4611-0.62720.84670.27150.8240.32370.06680.93470.12150.5126-21.087213.048-4.4108
102.0016-0.2608-7.47767.92453.52267.8757-0.08851.14020.583-1.6149-0.7377-0.41260.18720.3530.74490.53810.10850.00990.30650.08820.2389-29.493913.53931.1412
115.8175-2.03930.0192.1468-0.30812.65620.12140.16530.128-0.2286-0.19350.2665-0.4675-0.22320.03740.26410.0587-0.02570.1281-0.02690.1522-31.21839.77928.931
122.0131-0.22461.97782.85090.31975.2767-0.05210.66690.375-0.7598-0.23420.0849-0.23580.08730.28140.30610.0648-0.01210.19520.00840.1509-24.74493.04860.2564
139.19330.8573-7.54093.5433-1.08729.19180.4930.507-0.3642-0.8058-0.27441.0787-0.0705-1.0172-0.23380.24530.0912-0.12960.3165-0.10720.3706-39.11774.53014.7835
147.6027-5.51321.91428.684-1.31115.7061-0.1732-0.5945-0.16480.65520.362-0.22620.3424-0.1959-0.1720.2674-0.0515-0.05410.16390.01020.2683-25.9964-43.888315.2841
157.0262-2.04994.59924.3814-1.16485.58880.27630.3309-0.267-0.1707-0.08680.19010.33550.0721-0.12940.0967-0.02740.00940.1332-0.01540.1946-25.6501-41.15768.3428
169.1859-7.1357-1.11419.94170.45638.69780.04540.0114-1.23520.56640.28750.34841.3099-0.5168-0.33060.4936-0.1002-0.15110.2524-0.03230.4445-27.768-50.059811.2964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:113)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 114:213)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 1:17)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 18:32)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 33:83)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 84:99)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 100:195)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 196:221)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN H AND (RESID 1:10)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN H AND (RESID 11:15)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND (RESID 16:30)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND (RESID 31:45)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN H AND (RESID 46:54)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESID 19:33)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESID 34:61)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND (RESID 62:81)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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