+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hkz | ||||||
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Title | Trastuzumab Fab complexed with Protein L and Protein A fragments | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / cancer therapeutic | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Staphylococcus aureus (bacteria) FINEGOLDIA MAGNA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08 Å | ||||||
Authors | Avery, K.N. / Zer, C. / Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies. Authors: Donaldson, J.M. / Zer, C. / Avery, K.N. / Bzymek, K.P. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hkz.cif.gz | 237.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hkz.ent.gz | 198.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hkz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hkz_validation.pdf.gz | 436.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hkz_full_validation.pdf.gz | 438.3 KB | Display | |
Data in XML | 4hkz_validation.xml.gz | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4hkz_validation.cif.gz | 40.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkz | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#4: Protein | Mass: 6850.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) FINEGOLDIA MAGNA (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q51918*PLUS |
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-Antibody , 3 types, 3 molecules ABH
#1: Antibody | Mass: 23362.889 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
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#2: Antibody | Mass: 23554.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#3: Antibody | Mass: 6037.530 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Mu50 / ATCC 700699 / Gene: spa, SAV0111 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A015 |
-Non-polymers , 2 types, 558 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CL / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 50 mM Hepes, 20% PEG 3350, 100 mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.91837 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2011 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91837 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→47.81 Å / Num. all: 40478 / Num. obs: 40077 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.13 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 92.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08→47.81 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.08→47.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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