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万見
- PDB-4hk3: I2 Fab (unbound) from CH65-CH67 Lineage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hk3
タイトルI2 Fab (unbound) from CH65-CH67 Lineage
要素
  • I2 heavy chain
  • I2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Preconfiguration of the antigen-binding site during affinity maturation of a broadly neutralizing influenza virus antibody.
著者: Schmidt, A.G. / Xu, H. / Khan, A.R. / O'Donnell, T. / Khurana, S. / King, L.R. / Manischewitz, J. / Golding, H. / Suphaphiphat, P. / Carfi, A. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Kepler, T. ...著者: Schmidt, A.G. / Xu, H. / Khan, A.R. / O'Donnell, T. / Khurana, S. / King, L.R. / Manischewitz, J. / Golding, H. / Suphaphiphat, P. / Carfi, A. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Kepler, T.B. / Zhang, R. / Moody, M.A. / Haynes, B.F. / Liao, H.X. / Shaw, D.E. / Harrison, S.C.
履歴
登録2012年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: I2 heavy chain
N: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4682
ポリマ－48,4682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.455, 102.455, 81.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: 抗体 I2 heavy chain


分子量: 25771.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 I2 light chain


分子量: 22695.977 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.5 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→50 Å / Num. all: 16978 / Num. obs: 16968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.713 / Net I/σ(I): 8.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→38.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7724 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 494 5.02 %
Rwork0.2206 --
obs0.2239 9841 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.11 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 145.95 Å2 / Biso mean: 47.2921 Å2 / Biso min: 5.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4939 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.4939 Å20 Å2
3----12.9878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 0 0 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2934558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2291175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.30190.33771140.267323242438
3.3019-3.77930.31771380.229723162454
3.7793-4.76020.25771260.193723262452
4.7602-38.96780.27221160.215523812497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20290.2355-0.09130.4477-0.19280.1877-0.36530.0489-0.0262-0.439-0.1142-0.53950.16510.1599-0.7476-0.7415-0.91160.7494-1.08750.6837-0.5182-31.550331.749-6.1874
20.04080.0010.03450.02710.03190.0522-0.04190.2611-0.1473-0.1-0.0693-0.06440.06790.14420.00971.07-0.01430.56930.62990.26710.5881-23.65757.002915.9286
30.4225-0.0198-0.14640.03320.04780.4204-0.2008-0.4069-0.1290.1267-0.14720.07120.4966-0.3217-0.4691-0.1419-0.64720.2962-0.15770.413-0.3518-52.329324.7266-2.7558
40.008-0.02920.00630.2914-0.17440.1745-0.221-0.0817-0.1358-0.1955-0.1471-0.4074-0.0060.1594-0.00790.75380.29670.29030.49020.1710.5619-32.65087.826.4808
50.0892-0.0040.04350.11630.04940.1452-0.1425-0.0249-0.0937-0.3744-0.2156-0.256-0.0351-0.0074-0.33790.64840.26950.29220.40670.66410.3937-36.46239.152629.1341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'J' and (resseq 1:126)J1 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'J' and (resseq 127:227)J127 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'N' and (resseq 1:115)N1 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'N' and (resseq 116:152)N116 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'N' and (resseq 153:210)N153 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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