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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hiy | ||||||
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タイトル | crystal structure of R34/53A, D95N, H112W mutant of borna disease virus matrix protein | ||||||
要素 | Matrix protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / VIRAL MATRIX PROTEIN / RNA BINDING / MEMBRANE BINDING / VIRUSES / SSRNA / NEGATIVE-STRAND VIRUSES / MONONEGAVIRALES / BORNAVIRIDAE / BORNA VIRUS / VIRION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Borna disease virus (ボルナ病ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å | ||||||
データ登録者 | Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Matrix protein variants provide support for alternative borna disease virus infection pathway 著者: Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hiy.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hiy.ent.gz | 28.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hiy_validation.pdf.gz | 423.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hiy_full_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hiy_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hiy_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hiy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16152.665 Da / 分子数: 1 / 変異: R34A, R53A, D95N, H112W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borna disease virus (ボルナ病ウイルス) 遺伝子: M / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0C794 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.125 Li2SO4, 25% GLYCEROL, 0.075 HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→56 Å / Num. all: 3517 / Num. obs: 3517 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 493 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3F1J 解像度: 3.31→56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / SU B: 14.355 / SU ML: 0.233 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: R VALUE (WORKING SET) = 0.175; FREE R = 0.233 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: R VALUE (WORKING SET) = 0.175; FREE R = 0.233 FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 5% OF REFLECTIONS (157 TOTAL). FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ALL REFLECTIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.838 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.31→56 Å
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拘束条件 |
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