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- PDB-6l50: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l50
タイトルCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 16
要素
  • NS3 protease
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral protease / Protease inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
Other governmentStart up grant シンガポール
Other governmentCBRG15May045 シンガポール
Other governmentNRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2020
タイトル: Identification and structural characterization of small molecule fragments targeting Zika virus NS2B-NS3 protease.
著者: Quek, J.P. / Liu, S. / Zhang, Z. / Li, Y. / Ng, E.Y. / Loh, Y.R. / Hung, A.W. / Luo, D. / Kang, C.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7459
ポリマ－99,6128
非ポリマー1331
水1,27971
1
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9032
ポリマ－24,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
2
C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9032
ポリマ－24,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
3
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9032
ポリマ－24,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
4
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0363
ポリマ－24,9032
非ポリマー1331
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.744, 59.909, 214.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 51 through 87)
21chain C
31chain E
41(chain G and resid 51 through 87)
12(chain B and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))
22(chain D and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))
32(chain F and resid 19 through 169)
42(chain H and resid 19 through 169)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETVALVAL(chain A and resid 51 through 87)AA51 - 878 - 44
211METMETVALVALchain CCC51 - 878 - 44
311METMETVALVALchain EEE51 - 878 - 44
411METMETVALVAL(chain G and resid 51 through 87)GG51 - 878 - 44
112THRTHRARGARG(chain B and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))BB19 - 2920 - 30
122GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))BB32 - 16933 - 170
212THRTHRARGARG(chain D and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))DD19 - 2920 - 30
222GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 19 through 29 or resid 32 through 169))DD32 - 16933 - 170
312THRTHRLYSLYS(chain F and resid 19 through 169)FF19 - 16920 - 170
412THRTHRLYSLYS(chain H and resid 19 through 169)HH19 - 16920 - 170

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Serine protease subunit NS2B / NS2B cofactor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質
NS3 protease


分子量: 19037.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-E60 / 2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one / ロダニン


分子量: 133.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3NOS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.43
反射解像度: 1.95→42.304 Å / Num. obs: 56428 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.09903 / Rrim(I) all: 0.2698 / Net I/σ(I): 27.73
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5506 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 0.2515 / Rrim(I) all: 0.6946

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5gpi

5gpi


解像度: 1.95→42.304 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 10.5 / 位相誤差: 42.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 2006 3.56 %
Rwork0.2149 --
obs0.2229 56423 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.1 Å2 / Biso mean: 31.6319 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→42.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5629 0 7 71 5707
Biso mean--35.19 26.25 -
残基数----759
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A440X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
12C440X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
13E440X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
14G440X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
21B1788X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
22D1788X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
23F1788X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
24H1788X-RAY DIFFRACTION2.818TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.99880.27061420.2904384194
1.9988-2.05280.24831370.2917375694
2.0528-2.11320.32281380.3164379494
2.1132-2.18140.28461380.2736382295
2.1814-2.25940.28161410.2774381594
2.2594-2.34990.26271410.2614384995
2.3499-2.45680.2831450.2614384095
2.4568-2.58630.30451450.264385595
2.5863-2.74830.23891400.2515389595
2.7483-2.96050.25641420.2304388295
2.9605-3.25830.25061430.216392795
3.2583-3.72950.25191440.2123395996
3.7295-4.69780.20821420.1822399396
4.6978-42.30.20141610.17419396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62190.1461.8151.8648-0.85774.83380.2662-0.0056-0.1072-0.3429-0.2480.0848-0.741-0.4842-0.0110.49570.0738-0.06290.2921-0.09250.1957-3.6964-1.637844.3379
21.4761-1.30851.74985.3243-2.46249.1734-0.0701-0.50360.04750.4704-0.11820.25210.1043-0.23080.09310.5137-0.080.10580.5782-0.01610.295.1629-13.810559.0721
31.0422-0.2299-0.93571.7390.22952.6818-0.01090.070.1247-0.38990.18160.0236-0.0853-0.1016-0.04680.77940.06820.28840.7190.1350.345-3.6968-20.26260.0743
40.82651.64910.0883.29330.09061.37910.0138-0.0429-0.0796-0.0495-0.13790.14440.09770.09890.01370.3397-0.00060.05530.23540.16680.66-5.018-32.366449.3999
50.4340.13410.44480.64140.02880.7962-0.16240.1057-0.0242-0.0091-0.01680.0181-0.1719-0.0491-0.07530.1488-0.1527-0.10060.5163-0.20890.1533-8.7023-28.493734.4648
63.5177-0.26180.43791.61040.46822.1125-0.19650.01920.39610.05420.3128-0.3461-0.19310.2436-0.08380.4456-0.10550.06260.3353-0.16310.2357-2.0529-2.3744.0316
71.16960.4912-1.06980.9714-0.07562.01010.02330.60260.1973-0.14870.00410.1714-0.1682-0.1341-0.13840.3722-0.03820.0790.2689-0.03660.2134-9.8421-4.106141.6854
81.23340.4067-0.45861.849-0.89410.97910.11010.09270.06310.3771-0.0190.3725-0.29370.3853-0.00170.33350.00130.01320.2711-0.03120.1180.8621-11.032136.4375
90.5278-0.14570.10281.78640.94461.9043-0.01460.0953-0.00110.2368-0.0718-0.03-0.0068-0.08730.12620.31490.05960.05280.31560.04170.1421-3.0849-20.049446.8907
100.9038-0.3640.2671.0272-1.53223.87570.06570.08750.0965-0.06320.13420.0479-0.33920.0755-0.06290.4391-0.00310.07710.2411-0.01360.0522-27.1157-3.538160.855
111.8961-0.61590.10732.64890.17381.3301-0.19410.39740.145-0.38470.2676-0.5041-0.1797-0.41870.1070.4506-0.14240.01380.3691-0.18680.1914-28.4049-24.887451.9374
122.0537-0.5477-0.7450.9948-1.13532.5874-0.1034-0.3449-0.35910.72960.0912-0.4895-0.17240.14930.13450.2719-0.0397-0.0750.27830.04920.3018-19.9132-28.908472.761
131.2871-0.0236-0.78080.38890.04721.92530.3239-0.10970.390.1192-0.1180.0482-0.25640.2405-0.18760.36-0.05960.05620.214-0.02370.1708-25.1724-7.097269.85
140.5137-0.17110.40921.69210.19140.71530.07530.1308-0.0878-0.2768-0.01670.01070.0340.0756-0.02720.4428-0.02050.0010.2133-0.00420.101-28.0271-20.708460.8335
152.07020.3066-0.50153.84482.032.4420.1292-0.08990.3468-0.0470.06290.1983-0.2365-0.5648-0.4860.24510.14110.11280.38090.15740.1652-10.4468-8.21949.3809
163.07251.12-0.28351.2611-0.68880.4306-0.05870.6668-0.4186-0.95370.08710.32440.3593-0.1319-0.2070.50650.0362-0.25470.2302-0.03230.31031.6875-18.9356-2.8229
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190.55640.1590.423.20590.50592.1266-0.0204-0.12030.0750.2867-0.02910.14550.0359-0.4333-0.05140.02990.0788-0.08790.41490.10220.1129-7.8285-11.84278.1822
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231.51110.4463-0.35480.75440.30250.3556-0.21390.53740.0850.22440.1717-0.0880.2457-0.09590.06280.27870.00950.03790.28610.08160.19025.4618-15.78294.8767
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251.3957-0.7546-0.52863.35781.40031.97220.08230.1824-0.41590.03590.04110.08260.56340.21380.20690.21730.0565-0.03620.19430.04170.38936.1242-20.66324.5592
262.197-0.23280.62440.5381-0.81592.0078-0.1468-0.04440.30080.1254-0.1314-0.1363-0.27290.3069-0.13750.1952-0.0417-0.0690.21150.0438-0.11049.4399-9.640910.3131
273.8272-0.77891.742.00250.66063.1274-0.05830.30440.3223-0.3121-0.2895-0.35150.02720.24910.33250.23180.0595-0.05630.26050.07120.188213.6756-7.29389.5852
288.64230.84-0.32715.6738-0.10220.54290.3145-0.28060.70170.40630.20050.6101-0.3648-0.4156-0.26010.20880.04220.17670.67380.0960.4063-45.5616-36.652113.9428
290.0093-0.0678-0.05022.00550.30410.2565-0.0539-0.30210.0323-0.07180.17230.03820.00160.13910.02760.0813-0.03670.07280.33630.07460.3956-41.0688-47.2333.5939
305.8642-2.7326-2.33182.27772.38812.63190.0138-0.17310.1393-0.7564-0.18980.13120.05260.450.03020.50640.06360.02830.38490.08020.2246-31.2169-50.3021-5.3881
312.07342.9634-1.1425.1486-0.62522.2698-0.13270.38070.2474-0.4970.06610.13690.006-0.10350.07930.35010.07480.05190.61150.17280.3638-24.839-41.855-7.6132
320.047-0.1224-0.17811.30930.79381.8345-0.01330.1064-0.01270.3016-0.00290.03050.20640.18620.19060.3194-0.17510.05590.4445-0.00310.0679-13.1012-39.11032.7315
330.24510.2245-0.09290.2114-0.10370.0702-0-0.02920.22250.12930.1133-0.067-0.11730.0398-0.05770.299-0.0078-0.00430.28110.04580.1732-16.5384-34.367917.7713
342.77010.04840.13590.0508-0.45864.3670.1482-0.14290.29190.11860.21160.9626-0.3771-0.4791-0.34420.1661-0.03240.07090.32580.05160.3459-41.5348-39.373710.2501
350.55390.4039-1.15480.8246-0.32862.80260.01050.2677-0.0830.2974-0.02710.1072-0.0846-0.5698-0.02360.27510.02140.02710.2334-0.00680.2103-36.8153-42.329619.9572
360.5826-1.0365-0.10152.7361-1.1842.1434-0.14850.15440.2409-0.1753-0.2589-0.68510.2388-0.0452-0.0520.2108-0.1102-0.04690.2137-0.02820.1973-30.0143-46.55676.2436
371.88980.28890.1461.9833-0.30981.2561-0.0517-0.0202-0.17050.10670.01070.0375-0.05590.09170.06250.1329-0.00270.01240.15340.04490.1469-23.4786-41.59677.0193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 59 )A50 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 64 )A60 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 69 )A65 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 74 )A70 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 87 )A75 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 27 )B17 - 27
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 42 )B28 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 94 )B43 - 94
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 95 through 171 )B95 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 51 through 60 )C51 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 61 through 75 )C61 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 76 through 87 )C76 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 17 through 79 )D17 - 79
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 80 through 170 )D80 - 170
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 51 through 55 )E51 - 55
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 56 through 65 )E56 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 66 through 70 )E66 - 70
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 71 through 87 )E71 - 87
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 18 through 27 )F18 - 27
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 28 through 42 )F28 - 42
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 43 through 71 )F43 - 71
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 72 through 79 )F72 - 79
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 80 through 111 )F80 - 111
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 112 through 136 )F112 - 136
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 137 through 145 )F137 - 145
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 146 through 155 )F146 - 155
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 156 through 169 )F156 - 169
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 50 through 54 )G50 - 54
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 55 through 59 )G55 - 59
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 60 through 64 )G60 - 64
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 65 through 69 )G65 - 69
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 70 through 74 )G70 - 74
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 75 through 87 )G75 - 87
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 19 through 42 )H19 - 42
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 43 through 79 )H43 - 79
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 80 through 106 )H80 - 106
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 107 through 170 )H107 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る