+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jpw | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Viral protease / Protease inhibitor complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Zika virus synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.951 Å | ||||||||||||
Authors | Quek, J.P. | ||||||||||||
Funding support | Singapore, 3items
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Citation | Journal: Org.Lett. / Year: 2019 Title: Biocompatible Macrocyclization between Cysteine and 2-Cyanopyridine Generates Stable Peptide Inhibitors. Authors: Nitsche, C. / Onagi, H. / Quek, J.P. / Otting, G. / Luo, D. / Huber, T. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jpw.cif.gz | 320.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jpw.ent.gz | 260.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jpw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5gpiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 5865.384 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 19037.592 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus (strain Mr 766) / Strain: Mr 766 / Gene: GP1, A2G93_63394gpGP1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS #3: Protein/peptide | Mass: 854.013 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate pH 4.6, 25% Peg 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95373 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.951→46.261 Å / Num. obs: 57894 / % possible obs: 99.41 % / Redundancy: 2 % / Net I/σ(I): 15.69 |
Reflection shell | Resolution: 1.951→2.02 Å / Num. unique obs: 5412 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GPI Resolution: 1.951→46.261 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.951→46.261 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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