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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hit | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H112W mutant of borna disease virus matrix protein | ||||||
![]() | Matrix protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / VIRAL MATRIX PROTEIN / RNA BINDING / MEMBRANE BINDING / VIRUSES / SSRNA / NEGATIVE-STRAND VIRUSES / MONONEGAVIRALES / BORNAVIRIDAE / BORNA VIRUS / VIRION | ||||||
機能・相同性 | ![]() virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Matrix protein variants provide support for alternative borna disease virus infection pathway 著者: Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16325.882 Da / 分子数: 4 / 変異: H112W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: M / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 37880 / Num. obs: 37880 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5105 / % possible all: 92.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3F1J 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / SU B: 4.966 / SU ML: 0.118 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALL REFLECTIONS HAVE BEEN USED DURING LAST REFINEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.957 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
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