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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hif | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Ultrahigh-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Zn2+ ions | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / self-complementary DNA / Z-DNA | 機能・相同性 | SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M. | ![]() ![]() タイトル: Ultrahigh-resolution crystal structures of Z-DNA in complex with Mn(2+) and Zn(2+) ions. 著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M. #1: ![]() タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A 著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z. #2: ![]() タイトル: Anomalous signal of phosphorus used for phasing DNA oligomer: importance of data redundancy 著者: Dauter, Z. / Adamiak, D.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-SPK / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.8 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / pH: 6 詳細: A 1.5 MM DNA WATER SOLUTION MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL,12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP METHOD, ...詳細: A 1.5 MM DNA WATER SOLUTION MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL,12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP METHOD, TEMPERATURE 292K. FOR ZN2+ SOAKING A CRYSTAL WAS PLACED IN 0.002 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION MIXED WITH 0.002 ML OF 5 MM ZNCL2 FOR ONE WEEK. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8174 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.849→17.976 Å / Num. obs: 36512 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.02 % / Biso Wilson estimate: 8.109 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 20.02 |
反射 シェル | 解像度: 0.85→0.9 Å / 冗長度: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / % possible all: 63.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I0T 解像度: 0.85→17.976 Å / Num. parameters: 3228 / Num. restraintsaints: 709 / 交差検証法: FREE R 立体化学のターゲット値: CLOWNEY, GELBIN & PARKINSON 詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ADPS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.1562 TO 0.1235. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ADPS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.1562 TO 0.1235. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.(1975) 91, 201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 144.6 / Occupancy sum non hydrogen: 313.39 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.85→17.976 Å
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拘束条件 |
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