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- PDB-4hi4: Crystal structure of the 5-coordinate ferric heme-binding PAS dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hi4
タイトルCrystal structure of the 5-coordinate ferric heme-binding PAS domain of Aer2 from P. aeruginosa
要素Aerotaxis transducer Aer2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS domain / diatomic gas sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive aerotaxis / aerotaxis / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / signal transduction / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAMP N-terminal domain 3 / HAMP N-terminal domain 3 / HAMP domain / PAS domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. ...HAMP N-terminal domain 3 / HAMP N-terminal domain 3 / HAMP domain / PAS domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Airola, M.V. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Architecture of the soluble receptor Aer2 indicates an in-line mechanism for PAS and HAMP domain signaling.
著者: Airola, M.V. / Huh, D. / Sukomon, N. / Widom, J. / Sircar, R. / Borbat, P.P. / Freed, J.H. / Watts, K.J. / Crane, B.R.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerotaxis transducer Aer2
B: Aerotaxis transducer Aer2
D: Aerotaxis transducer Aer2
G: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33813
ポリマ－53,4684
非ポリマー2,8709
水1,20767
1
B: Aerotaxis transducer Aer2
D: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1516
ポリマ－26,7342
非ポリマー1,4174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子

A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1877
ポリマ－26,7342
非ポリマー1,4535
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
3
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0193
ポリマ－13,3671
非ポリマー6522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0763
ポリマ－13,3671
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0763
ポリマ－13,3671
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
G: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1684
ポリマ－13,3671
非ポリマー8013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.365, 67.435, 117.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aerotaxis transducer Aer2


分子量: 13367.088 Da / 分子数: 4 / 断片: heme-binding PAS domain (UNP residues 174-289) / 変異: K176S, E275S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aer2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6V6
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5-20% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1M Tris, pH 8.5-9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 24384 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.346.60.3211751.0971100
2.34-2.386.70.30112261.1431100
2.38-2.436.60.28311901.0971100
2.43-2.486.60.2512031.1481100
2.48-2.536.70.2311651.1221100
2.53-2.596.60.20412291.114199.9
2.59-2.666.70.1811871.1311100
2.66-2.736.60.15912081.1851100
2.73-2.816.60.14212211.1781100
2.81-2.96.60.12911961.171100
2.9-36.60.10711971.1591100
3-3.126.60.09212091.1951100
3.12-3.266.60.0812201.1451100
3.26-3.446.60.06512161.1441100
3.44-3.656.60.05612231.0531100
3.65-3.936.50.05612331.2199.9
3.93-4.336.40.04712341.174199.9
4.33-4.956.40.04212381.009199.8
4.95-6.246.30.04312731.064199.8
6.24-505.90.03813411.141199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.304→44.376 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.818 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1985 8.16 %
Rwork0.2281 --
obs0.2297 24313 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.32 Å2 / Biso mean: 22.8216 Å2 / Biso min: 1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→44.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3672 0 197 67 3936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2295416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.194574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.261440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3037-2.36130.28231330.22561497163096
2.3613-2.42510.3061430.23615821725100
2.4251-2.49650.30671390.233915841723100
2.4965-2.57710.25141380.238815591697100
2.5771-2.66920.28181400.243915961736100
2.6692-2.7760.25261390.250115541693100
2.776-2.90230.37071420.253415991741100
2.9023-3.05530.26061430.256815741717100
3.0553-3.24670.24781430.248416001743100
3.2467-3.49730.28491430.215616021745100
3.4973-3.8490.21131420.221515831725100
3.849-4.40560.251440.204916221766100
4.4056-5.54890.18691480.209416501798100
5.5489-44.38390.20721480.22851726187499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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