PDB-4hh6: Peptide from EAEC T6SS Sci1 SciI protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hh6

タイトル

Peptide from EAEC T6SS Sci1 SciI protein

要素

Peptide from EAEC T6SS Sci1 SciI protein
Putative type VI secretion protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Alpha helical protein / ATPase domain + SciI peptide / SciI

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Douzi, B. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Lensi, V. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Role and specificity of ClpV ATPases in T6SS secretion.
著者: Douzi, B. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Lensi, V. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hh6.cif.gz	72.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hh6.ent.gz	52.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hh6_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hh6_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	4hh6_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4hh6_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hh5SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dpe-d 1oqv-1 1it3-4 4d5t-7 2enu-1 1v14-2 1bc7-d 4xuq-1 6do9-d 3kzz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative type VI secretion protein

Z: Peptide from EAEC T6SS Sci1 SciI protein

20.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.920, 46.850, 75.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative type VI secretion protein 分子量: 18384.877 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EAEC 042 / 遺伝子: ClpV1 from Sci1 T6SS, EC042_4530 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GUW1
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from EAEC T6SS Sci1 SciI protein 分子量: 2202.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20mM Tris, 100mM NaCl, 5%Glyc rol 10mM sodium borate pH 8.5, 1M citrate, protein+peptide 2mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月16日詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 5360 / Num. obs: 5360 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 57.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 388 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4HH5

4hh5

解像度: 2.5→35.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8909 / SU R Cruickshank DPI: 2.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2634	516	9.63 %	RANDOM
R_work	0.2419	-	-	-
all	0.2439	5359	-	-
obs	0.2439	5359	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.7897 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.4064 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.3833 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1297	0	0	26	1323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	1323	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.36	1804	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	442	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	30	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	193	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	1323	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.44
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	26.06
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	172	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	1558	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3215	133	8.92 %
R_work	0.2818	1358	-
all	0.2855	1491	-
obs	-	1491	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0079	-0.0193	0.0108	0.0179	-0.0062	0.0035	0	0	0.0001	0.0001	0.0001	0.0003	0	-0.0005	-0.0001	0.001	0.0023	-0.0002	-0.0006	-0.0002	0.0011	2.337	14.9064	-15.1718
2	0.001	-0.003	0.0014	0	-0.0022	0.0016	0	0.0001	-0.0001	-0.0002	0.0001	-0.0001	0.0001	0	-0.0001	0.0008	0.0009	-0.0008	-0.0002	-0.0003	0.0004	5.827	6.2325	-23.722
3	0	-0.017	0.0078	0	-0.005	0.0015	0	0.0001	0.0001	-0.0003	-0.0001	0.0011	0	-0.0004	0.0001	-0.002	0.0015	0	0.0006	0.0007	0.0005	1.7801	5.4389	-12.3999
4	0	-0.0014	-0.006	0	0.0034	0	-0.0001	-0.0001	0.0003	0.0002	-0.0001	0.0003	-0.0005	0	0.0001	-0.0009	0.0012	0.0003	-0.0018	0.0001	0.0002	9.6859	13.7061	-7.616
5	0	0.0119	0.0229	0	-0.0039	0	0.0001	0.0001	0.0003	0	0	-0.0001	-0.0009	0.0002	0	-0.0007	-0.0051	-0.0034	-0.001	0.0002	-0.0002	18.018	15.1234	-11.3366
6	0	-0.0059	0.0092	0.0032	-0.0066	0	-0.0002	-0.0002	0.0002	0.0003	0.0006	0.0002	-0.0008	0.0006	-0.0004	-0.0004	-0.0003	-0.0024	-0.0007	0.0011	0.0005	13.0609	7.0175	-4.815
7	0.0022	0.0003	0.0118	0	0	0.0078	0	-0.0005	0.0006	0.0001	-0.0001	0	-0.0002	-0.0003	0.0001	0.0019	0.0012	0.0009	0	-0.0004	-0.0011	8.8915	-3.0665	1.6568
8	0.0172	-0.0199	0.021	0.0068	-0.0067	0.016	0.0001	0	-0.0006	0.0001	0.0001	0.0004	0.0002	0.0004	-0.0002	0.0013	0.0007	-0.0017	-0.0003	0	0.0003	17.211	-2.9633	2.9961
9	0.0025	0.0105	0.0055	0	-0.0021	0	0	-0.0002	0.0002	-0.0001	0	-0.0005	-0.0001	0.0004	-0.0001	-0.0012	-0.0035	-0.0024	0.0002	-0.0004	-0.0007	24.1567	9.6306	-5.2771
10	0	0.0225	-0.0034	0	-0.0168	0.0051	0	-0.0004	0.0006	-0.0002	0.0001	-0.0004	0.0001	0.0004	-0.0001	0.0013	-0.0023	0.0009	-0.0004	0.0015	-0.0005	17.719	19.4432	-14.8343
11	0.0013	0.0004	0.0022	0.0001	0.0064	0.0055	0	0.0004	0.0001	-0.0003	-0.0002	0.0001	-0.0002	0	0.0002	-0.0005	-0.0008	0.0001	0.0013	-0.0002	-0.0017	12.8959	2.9194	-18.7887
12	0.0013	0.0088	0.0073	0	0.0054	0	0	0.0006	0.0001	0	-0.0002	0	0.0003	-0.0001	0.0002	0.0002	-0.0034	-0.0009	-0.0006	-0.0007	-0.0012	2.4776	-6.2016	-16.3695
13	0	-0.0032	-0.0099	0.0104	-0.0098	0.0024	0	-0.0002	-0.0002	-0.0002	-0.0005	0.0007	0	-0.0003	0.0005	0.0002	0.0013	0.0016	-0.0007	0.0007	0.0001	4.6475	-2.624	-10.4828
14	0.0009	-0.0015	-0.005	0.0029	0.0017	0.0023	0	0.0001	0	0	-0.0001	-0.0002	0.0001	0.0003	0.0001	-0.0001	0.0013	0.0011	0.001	0	-0.0009	18.5703	-3.5137	-13.9736
15	0.0025	-0.0093	0.0132	0.0053	-0.0087	0	0	0.0002	-0.0002	0	-0.0002	-0.0001	0.0006	0.0003	0.0002	-0.0003	0.0025	-0.0024	0.001	0.0006	-0.0001	20.8643	-4.8495	-4.8736
16	0.0043	-0.0029	-0.0001	0.0122	-0.0107	0	0	0.0003	-0.0001	0	-0.0001	0.0003	0.0004	-0.0003	0	0.0012	-0.0002	0.0016	-0.0004	0.0015	0.001	7.4859	-13.7484	-6.673
17	0.0029	0.019	-0.0192	0.0165	-0.0006	0.0195	0	0	0.0004	-0.0001	-0.0002	0.0016	0.0002	-0.0018	0.0002	0.0015	0.0002	0.0012	0.0016	0.0011	0.0011	-1.1502	-3.6331	-0.0494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ Z\|10 - Z\|23 }	Z	10 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|6 - A\|10 }	A	6 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|11 - A\|20 }	A	11 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|21 - A\|30 }	A	21 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|31 - A\|40 }	A	31 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|41 - A\|50 }	A	41 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|51 - A\|60 }	A	51 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|61 - A\|70 }	A	61 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|71 - A\|80 }	A	71 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|81 - A\|90 }	A	81 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|91 - A\|100 }	A	91 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|101 - A\|110 }	A	101 - 110
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|111 - A\|120 }	A	111 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|121 - A\|130 }	A	121 - 130
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|131 - A\|140 }	A	131 - 140
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|141 - A\|150 }	A	141 - 150
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ A\|151 - A\|162 }	A	151 - 162

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)