PDB-4heo: Hendra virus Phosphoprotein C terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4heo

タイトル

Hendra virus Phosphoprotein C terminal domain

要素

Phosphoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral polymerase cofactor / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

disordered domain specific binding / amyloid fibril formation / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Hendra virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Tarbouriech, N. / Jamin, M.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Atomic Resolution Description of the Interaction between the Nucleoprotein and Phosphoprotein of Hendra Virus.
著者: Communie, G. / Habchi, J. / Yabukarski, F. / Blocquel, D. / Schneider, R. / Tarbouriech, N. / Papageorgiou, N. / Ruigrok, R.W. / Jamin, M. / Jensen, M.R. / Longhi, S. / Blackledge, M.

履歴

登録	2012年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4heo.cif.gz	61.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4heo.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4heo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/4heo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/4heo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a6c-d 2n0z-d 1iym-d 1xda-2 6h3m-8 1koy-d 3ldj-3 3bs9-1 1kjk-d 2f5h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

ヘテロ分子

15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	21.490, 43.280, 51.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 79.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoprotein / Protein P 分子量: 7668.996 Da / 分子数: 2 / 断片: C terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hendra virus (ウイルス) / 株: horse/Australia/Hendra/1994 / 遺伝子: P/V/C / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: O55778
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Bis-Tris 100mM, PEG 3350 28%, MgCl2 50mM, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→32.85 Å / Num. all: 21848 / Num. obs: 21541 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 14.24
反射シェル	解像度: 1.65→1.8 Å / 冗長度: 2.48 % / R_merge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 4965 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
HKL2Map		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→32.848 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2235	1217	5.65 %	RANDOM
R_work	0.1881	-	-	-
obs	0.1901	21540	98.64 %	-
all	-	21848	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.419 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.0467 Å²	0 Å²	0.519 Å²
2-	-	0.826 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	933	0	2	35	970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	986
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.826	400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.7161	0.3058	140	0.3058	2181	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7161-1.7942	0.3258	119	0.2871	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7942-1.8888	0.2493	123	0.2249	2230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-2.0071	0.2293	144	0.1946	2307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0071-2.162	0.2064	132	0.1726	2324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.162-2.3796	0.2268	128	0.1694	2260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3796-2.7237	0.1993	151	0.1838	2254	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7237-3.431	0.2146	151	0.1774	2242	X-RAY DIFFRACTION	98
3.431-32.8543	0.2239	129	0.1814	2157	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.348	0.8335	-0.8203	1.8101	-1.6492	1.4844	-0.0833	-0.0883	0.0613	0.0313	0.1322	-0.3337	-0.0868	0.0437	0.0002	0.1666	0.0012	-0.0293	0.2337	-0.0105	0.194	18.4726	13.9631	40.3817
2	1.5567	-1.15	-0.33	1.6112	-0.1412	1.6134	0.125	-0.1037	-0.2729	0.3833	0.0307	-0.433	0.509	-0.1101	-0.0515	0.2892	-0.0034	-0.0634	0.2576	0.0773	0.2039	17.4886	8.1883	47.029
3	1.4628	0.4496	0.7616	0.3086	-0.1271	1.1935	-0.3859	-0.4794	0.1037	0.2941	-0.1579	0.892	-0.101	-0.0267	-0.039	0.2405	0.0232	0.0148	0.3202	-0.0038	0.2879	8.6919	14.0734	44.3302
4	0.9963	0.0758	0.1334	1.4306	-1.6601	1.937	0.0052	0.0718	-0.1794	-0.1817	-0.1565	0.2017	0.2657	0.3123	-0.0034	0.1485	-0.0115	-0.0165	0.1843	0.0329	0.1976	9.406	15.6756	32.9189
5	1.3836	-0.125	0.3113	1.1031	-0.7102	2.5846	0.0747	0.1302	-0.0716	-0.451	-0.0605	0.4015	0.0784	-0.1	-0.0103	0.172	0.0107	0.0048	0.1532	0.0993	0.2257	8.675	23.3627	27.5279
6	1.2889	-0.4891	0.9915	0.9416	-0.7779	0.9174	0.0766	-0.2328	1.1001	0.0823	0.0728	-0.4603	-0.2169	0.6098	-0.0244	0.1733	-0.0081	0.0067	0.2253	0.0097	0.3449	16.9305	22.6231	34.0877
7	0.6667	0.1452	-0.5654	0.0353	-0.1223	0.4917	-0.1294	0.6349	-1.2909	0.0843	-0.4256	-0.1933	0.6199	-0.0154	-0.1009	0.883	0.154	-0.3229	0.3535	-0.3885	1.1415	13.3204	27.4036	50.5891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 20:38)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 39:56)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 2:19)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 20:38)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 39:55)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 56:60)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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