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- PDB-4hcs: Structure of Novel subfamily CX chemokine solved by sulfur SAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcs
タイトルStructure of Novel subfamily CX chemokine solved by sulfur SAD
要素Uncharacterized protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / novel chemokine subfamily CX / chemokine fold / chemotaxis / ZEBRAFISH FISH CHEMOKINE STRUCTURE / CXCL1a / SULFUR-SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine activity / immune response / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CX chemokine ligand 34b, duplicate 11
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Rajasekaran, D. / Fan, C. / Meng, W. / Pflugrath, J.W. / Lolis, E.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural insight into the evolution of a new chemokine family from zebrafish.
著者: Rajasekaran, D. / Fan, C. / Meng, W. / Pflugrath, J.W. / Lolis, E.J.
履歴
登録2012年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3161
ポリマ－9,3161
非ポリマー00
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.640, 44.640, 142.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 9315.854 Da / 分子数: 1 / 断片: CXL-C24a / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: si:dkey-25o1.2 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: F1Q6N2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97924 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→23 Å / Num. obs: 21906

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.28→22.908 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 2026 5.14 %
Rwork0.1832 --
obs0.1843 21906 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→22.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数534 0 0 113 647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.013729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.894214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.31540.28911430.25262723X-RAY DIFFRACTION99
1.3154-1.35090.2831570.24012721X-RAY DIFFRACTION99
1.3509-1.39070.26491440.21982719X-RAY DIFFRACTION99
1.3907-1.43550.24891510.20362705X-RAY DIFFRACTION99
1.4355-1.48680.21161370.18782750X-RAY DIFFRACTION99
1.4868-1.54640.18591400.16572714X-RAY DIFFRACTION99
1.5464-1.61670.18261560.16272720X-RAY DIFFRACTION100
1.6167-1.70190.20571560.15922747X-RAY DIFFRACTION100
1.7019-1.80850.18171580.16322728X-RAY DIFFRACTION100
1.8085-1.94810.21781770.16382719X-RAY DIFFRACTION100
1.9481-2.1440.17381270.1642770X-RAY DIFFRACTION100
2.144-2.45390.1931590.16552724X-RAY DIFFRACTION100
2.4539-3.09050.21261570.18492729X-RAY DIFFRACTION99
3.0905-22.91140.2134640.22011930X-RAY DIFFRACTION69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9269-5.1144-3.81624.55484.57216.10660.0445-0.14470.04260.03120.02980.14640.0428-0.4851-0.02570.247-0.010.0010.32120.04710.12419.468114.47619.592
25.577-4.75796.24465.9542-3.83438.18970.2405-0.0197-0.2605-0.33510.23010.18140.8884-0.3571-0.42490.3086-0.0231-0.05180.25830.01180.105812.69079.9334-4.7752
31.8342-0.96412.82461.4614-1.39275.3664-0.1617-0.13720.10970.17340.0618-0.0642-0.4996-0.05590.09920.2331-0.0226-0.00960.26110.02530.089612.2121.8983.0252
41.82060.43780.85553.054-0.94786.0131-0.0586-0.3420.09130.30630.06650.0491-0.0589-0.2619-0.0050.23250.0064-0.02040.31770.02660.099613.18217.316411.8118
51.3222-1.15730.1051.6065-0.60981.99570.10830.0545-0.1031-0.0813-0.06510.08130.10630.01-0.04090.2105-0.0194-0.02130.24050.03010.07313.780915.0812-0.2357
65.6178-0.7304-0.94756.7224-1.37362.1310.05610.13960.4034-0.0493-0.2772-0.3415-0.18430.3960.24580.2205-0.0341-0.01740.30670.08260.13518.643724.0154-5.4694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 12:21)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 22:26)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 27:36)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 37:46)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 47:66)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 67:78)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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