PDB-4hcs: Structure of Novel subfamily CX chemokine solved by sulfur SAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hcs

タイトル

Structure of Novel subfamily CX chemokine solved by sulfur SAD

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / novel chemokine subfamily CX / chemokine fold / chemotaxis / ZEBRAFISH FISH CHEMOKINE STRUCTURE / CXCL1a / SULFUR-SAD

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphocyte chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Rajasekaran, D. / Fan, C. / Meng, W. / Pflugrath, J.W. / Lolis, E.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural insight into the evolution of a new chemokine family from zebrafish.
著者: Rajasekaran, D. / Fan, C. / Meng, W. / Pflugrath, J.W. / Lolis, E.J.

履歴

登録	2012年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hcs.cif.gz	40.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hcs.ent.gz	32.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hcs_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hcs_full_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示
XML形式データ	4hcs_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	4hcs_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hedC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hed-d 1m8a-2 6exx-d 1x0f-d 2hjj-d 1xx8-d 5vbt-1 6fi0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

9.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.640, 44.640, 142.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 9315.854 Da / 分子数: 1 / 断片: CXL-C24a / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: si:dkey-25o1.2 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: F1Q6N2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4 M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97924 Å
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→23 Å / Num. obs: 21906

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.28→22.908 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	2026	5.14 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1843	21906	97.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→22.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	534	0	0	113	647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.894	214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	83
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	90

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.3154	0.2891	143	0.2526	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3154-1.3509	0.283	157	0.2401	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3509-1.3907	0.2649	144	0.2198	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3907-1.4355	0.2489	151	0.2036	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4355-1.4868	0.2116	137	0.1878	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4868-1.5464	0.1859	140	0.1657	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5464-1.6167	0.1826	156	0.1627	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6167-1.7019	0.2057	156	0.1592	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7019-1.8085	0.1817	158	0.1632	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8085-1.9481	0.2178	177	0.1638	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9481-2.144	0.1738	127	0.164	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.4539	0.193	159	0.1655	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4539-3.0905	0.2126	157	0.1849	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0905-22.9114	0.2134	64	0.2201	1930	X-RAY DIFFRACTION	69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9269	-5.1144	-3.8162	4.5548	4.5721	6.1066	0.0445	-0.1447	0.0426	0.0312	0.0298	0.1464	0.0428	-0.4851	-0.0257	0.247	-0.01	0.001	0.3212	0.0471	0.1241	9.4681	14.4761	9.592
2	5.577	-4.7579	6.2446	5.9542	-3.8343	8.1897	0.2405	-0.0197	-0.2605	-0.3351	0.2301	0.1814	0.8884	-0.3571	-0.4249	0.3086	-0.0231	-0.0518	0.2583	0.0118	0.1058	12.6907	9.9334	-4.7752
3	1.8342	-0.9641	2.8246	1.4614	-1.3927	5.3664	-0.1617	-0.1372	0.1097	0.1734	0.0618	-0.0642	-0.4996	-0.0559	0.0992	0.2331	-0.0226	-0.0096	0.2611	0.0253	0.0896	12.21	21.898	3.0252
4	1.8206	0.4378	0.8555	3.054	-0.9478	6.0131	-0.0586	-0.342	0.0913	0.3063	0.0665	0.0491	-0.0589	-0.2619	-0.005	0.2325	0.0064	-0.0204	0.3177	0.0266	0.0996	13.182	17.3164	11.8118
5	1.3222	-1.1573	0.105	1.6065	-0.6098	1.9957	0.1083	0.0545	-0.1031	-0.0813	-0.0651	0.0813	0.1063	0.01	-0.0409	0.2105	-0.0194	-0.0213	0.2405	0.0301	0.073	13.7809	15.0812	-0.2357
6	5.6178	-0.7304	-0.9475	6.7224	-1.3736	2.131	0.0561	0.1396	0.4034	-0.0493	-0.2772	-0.3415	-0.1843	0.396	0.2458	0.2205	-0.0341	-0.0174	0.3067	0.0826	0.135	18.6437	24.0154	-5.4694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 12:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 22:26)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 27:36)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 37:46)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 47:66)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 67:78)

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