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- PDB-2hjj: Solution NMR structure of protein ykfF from Escherichia coli. Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hjj
タイトルSolution NMR structure of protein ykfF from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER397.
要素Hypothetical protein ykfF
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ER397 / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Protein Structure Initiative. / PSI-2
機能・相同性ykff protein like domains / Protein of unknown function DUF905 / YkfF-like domain superfamily / Bacterial protein of unknown function (DUF905) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0401 protein YkfF
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Swapna, G.V.T. / Aramini, J.M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. ...Swapna, G.V.T. / Aramini, J.M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of protein ykfF from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER397.
著者: Swapna, G.V.T. / Aramini, J.M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Liu, J. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ykfF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0961
ポリマ－10,0961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ykfF


分子量: 10096.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ykfF / プラスミド: ER397-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: UniProt: P75677

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1323D 13C-separated NOESY
141HNHA
153high resolution CH-HSQC (stereospecific assignment of Val/Leu methyls)
1613D GFT backbone expts
1713D (H)CCH-COSY and (H)CCH-TOCSYs
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING GFT AND TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATED BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE FROM THE GFT DATA USING AUTOASSIGN, AND THE ASSIGNMENTS WERE COMPLETED ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING GFT AND TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATED BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE FROM THE GFT DATA USING AUTOASSIGN, AND THE ASSIGNMENTS WERE COMPLETED MANUALLY. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS WELL AS DISTANCE AND HYDROGEN BOND CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING AUTOSTRUCTURE. DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING TALOS. COMPLETENESS OF NMR ASSIGNMENTS (EXCLUDING C-TERMINAL HHHHHH): BACKBONE, 95.3%, SIDE CHAIN, 93.9%, AROMATICS, 100%, STEREOSPECIFIC METHYL, 90.9%. FINAL STRUCTURE QUALITY FACTORS (FOR RESIDUES 10 TO 75, PSVS 1.3), WHERE ORDERED RESIDUES [S(PHI) + S(PSI) > 1.8] COMPRISE 11-67,72-74: (A) RMSD (ORDERED RESIDUES): BB, 0.5, HEAVY ATOM, 1.1. (B) RAMACHANDRAN STATISTICS FOR ORDERED RESIDUES: MOST FAVORED, 85.9%, ADDITIONALLY ALLOWED, 13.8%, GENEROUSLY ALLOWED, 0.2%, DISALLOWED, 0.1%. (C) PROCHECK SCORES FOR ORDERED RESIDUES (RAW/Z-): PHI-PSI, -0.45/-1.46, ALL, -0.38/-2.25. (D) MOLPROBITY CLASH SCORE (RAW/Z-): 29.98/-3.62. (E) RPF SCORES FOR GOODNESS OF FIT TO NOESY DATA (ALL RESIDUES): RECALL, 0.956, PRECISION, 0.934, F-MEASURE, 0.945, DP-SCORE, 0.848.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.95 mM U-13C,15N-ER397, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM NH4OAc, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 5.5, 5% D2O / 95% H2O5% D2O / 95% H2O
20.95 mM U-13C,15N-ER397, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM NH4OAc, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 5.5, 100% D2O100% D2O
30.95 mM 5%-13C,U-15N-ER397, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM NH4OAc, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 5.5, 5% D2O / 95% H2O5% D2O / 95% H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin1.3Brukercollection
AutoAssign2.1.1Zimmerman, Moseley, Montelione精密化
XPLOR-NIH2.11.2Clore et al精密化
AutoStructure2.1.1Huang & Montelione精密化
AGNuS2Moseley & Montelione解析
PdbStat4.1Tejero & Montelioneデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya, Hang, Montelioneデータ解析
CNS1.1Brunger et al精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1044 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 72 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 52 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (17.7 CONSTRAINTS ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1044 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 72 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 52 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (17.7 CONSTRAINTS PER RESIDUE, 5.3 LONG RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE, COMPUTED FOR RESIDUES 10 to 75 BY PSVS 1.3). STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING AUTOSTRUCTURE (XPLOR-NIH). AFTER A FINAL XPLOR CALCULATION USING THE CONSTRAINTS DERIVED FROM AUTOSTRUCTURE, THE 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES OUT OF 100 WERE FURTHER REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS). THE UNSTRUCTURED N- AND C- TERMINI OF THE PROTEIN WERE INCLUDED IN ALL STRUCTURE CALCULATIONS BUT HAVE BEEN OMITTED FROM THIS DEPOSITION.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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