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- PDB-3sgm: Bromoderivative-2 of amyloid-related segment of alphaB-crystallin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgm
タイトルBromoderivative-2 of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100
要素Alpha-crystallin B chain
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / amyloid oligomer / beta cylindrin
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / perikaryon / microtubule binding / dendritic spine / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7006 Å
データ登録者Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Atomic view of a toxic amyloid small oligomer.
著者: Laganowsky, A. / Liu, C. / Sawaya, M.R. / Whitelegge, J.P. / Park, J. / Zhao, M. / Pensalfini, A. / Soriaga, A.B. / Landau, M. / Teng, P.K. / Cascio, D. / Glabe, C. / Eisenberg, D.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2285
ポリマ－5,1094
非ポリマー1181
水28816
1
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子

A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子

A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0199
ポリマ－7,6646
非ポリマー3553
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area5870 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area4230 Å2
手法PISA
2
C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain

C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain

C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6646
ポリマ－7,6646
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6530 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area4480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.995, 65.995, 65.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 1277.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02511
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M TRIS pH 7.0, 35% MPD, 0.2M SODIUM CHLORIDE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.92
シンクロトロンALS 8.2.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年1月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年1月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
211
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 6043 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.62-1.683.70.2866131.0081,298.7
1.68-1.753.70.1885781.011,297.5
1.75-1.823.80.1316131.0061,298.6
1.82-1.923.80.0915961.0031,297.9
1.92-2.043.70.0616191.0051,299.2
2.04-2.23.70.0516051.0051,298.2
2.2-2.423.60.0415900.9971,296.9
2.42-2.773.40.0316001.0031,296.6
2.77-3.493.20.0236020.9991,294.7
3.49-503.40.01762711,294.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7006→32.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8159 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 257 4.75 %
Rwork0.1922 --
obs0.1944 5409 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.966 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 43.96 Å2 / Biso mean: 21.8548 Å2 / Biso min: 10.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7006→32.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数340 0 8 16 364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.796488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.558146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7006-2.14250.20621400.137825332673
2.1425-33.00370.25431170.211926192736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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