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万見
- PDB-4hc9: DNA binding by GATA transcription factor-complex 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hc9
タイトルDNA binding by GATA transcription factor-complex 3
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
  • Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
キーワードTranscription/DNA / zinc finger / GATA transcription factor / DNA bridging / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation ...nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / HMG box domain binding / positive regulation of thyroid hormone generation / otic vesicle development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / nephric duct morphogenesis / norepinephrine biosynthetic process / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / immune system development / cellular response to interferon-alpha / pro-T cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / cardiac right ventricle morphogenesis / ureter maturation / parathyroid gland development / mast cell differentiation / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of epithelial cell differentiation / parathyroid hormone secretion / positive regulation of signal transduction / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / lymphocyte migration / mesonephros development / Formation of the nephric duct / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / regulation of T-helper cell differentiation / ear development / histone methyltransferase binding / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / sympathetic nervous system development / pharyngeal system development / negative regulation of cell motility / cellular response to BMP stimulus / cell fate determination / aortic valve morphogenesis / T-helper 2 cell differentiation / lens development in camera-type eye / cartilage development / embryonic hemopoiesis / ventricular septum development / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of T cell differentiation / inner ear morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of interleukin-2 production / cochlea development / regulation of neuron projection development / positive regulation of interleukin-4 production / E-box binding / uterus development / TOR signaling / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of cell cycle / T cell differentiation / cell fate commitment / anatomical structure morphogenesis / developmental growth / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cell maturation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of cytokine production / cellular response to interleukin-4 / axon guidance / erythrocyte differentiation / thymus development / post-embryonic development / kidney development / response to gamma radiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription coactivator binding / defense response / response to virus / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / male gonad development / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type ...Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, L.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: DNA Binding by GATA Transcription Factor Suggests Mechanisms of DNA Looping and Long-Range Gene Regulation.
著者: Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, P.H. / Machado, A.C. / Laird-Offringa, I.A. / Rohs, R. / Chen, L.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2905
ポリマ－25,1593
非ポリマー1312
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
2
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
ヘテロ分子

Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2905
ポリマ－25,1593
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.118, 30.352, 72.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 / GATA-binding factor 3


分子量: 12893.872 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 260 -365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23771
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6085.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6179.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: hanging drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31114

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 3861
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 3094 8.5 %
Rwork0.1811 --
obs-31114 85.4 %
溶媒の処理Bsol: 52.422 Å2
原子変位パラメータBiso max: 128.41 Å2 / Biso mean: 31.9677 Å2 / Biso min: 9.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.355 Å20 Å2-0.062 Å2
2---2.822 Å20 Å2
3---0.467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数821 814 2 336 1973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7592
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6552.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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