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万見
- PDB-4hca: DNA binding by GATA transcription factor-complex 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hca
タイトルDNA binding by GATA transcription factor-complex 1
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
  • Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
キーワードTranscription/DNA / zinc finger / GATA transcription factor / DNA bridging / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation ...nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / HMG box domain binding / positive regulation of thyroid hormone generation / otic vesicle development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / nephric duct morphogenesis / norepinephrine biosynthetic process / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / immune system development / cellular response to interferon-alpha / pro-T cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / cardiac right ventricle morphogenesis / ureter maturation / parathyroid gland development / mast cell differentiation / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of epithelial cell differentiation / parathyroid hormone secretion / positive regulation of signal transduction / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / lymphocyte migration / mesonephros development / Formation of the nephric duct / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / regulation of T-helper cell differentiation / ear development / histone methyltransferase binding / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / sympathetic nervous system development / pharyngeal system development / negative regulation of cell motility / cellular response to BMP stimulus / cell fate determination / aortic valve morphogenesis / T-helper 2 cell differentiation / lens development in camera-type eye / cartilage development / embryonic hemopoiesis / ventricular septum development / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / inner ear morphogenesis / negative regulation of interleukin-2 production / cochlea development / regulation of neuron projection development / positive regulation of interleukin-4 production / E-box binding / uterus development / TOR signaling / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of cell cycle / T cell differentiation / anatomical structure morphogenesis / cell fate commitment / developmental growth / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cell maturation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of cytokine production / cellular response to interleukin-4 / axon guidance / erythrocyte differentiation / thymus development / post-embryonic development / kidney development / response to gamma radiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription coactivator binding / defense response / response to virus / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / male gonad development / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type ...Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, L.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: DNA Binding by GATA Transcription Factor Suggests Mechanisms of DNA Looping and Long-Range Gene Regulation.
著者: Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, P.H. / Machado, A.C. / Laird-Offringa, I.A. / Rohs, R. / Chen, L.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
X: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2915
ポリマ－25,1603
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.486, 36.550, 66.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 / GATA-binding factor 3


分子量: 12893.872 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 260 -368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23771
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6142.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6123.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 6371 / Biso Wilson estimate: 58.61 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→28.766 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.6514 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 294 4.61 %
Rwork0.2446 --
obs0.2471 6371 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.732 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 476.88 Å2 / Biso mean: 73.412 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.6666 Å20 Å2-8.8682 Å2
2--3.0993 Å20 Å2
3----5.6005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 814 2 0 1591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2682467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.258689
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.5272 Å / Total num. of bins used: 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3641 142 -
Rwork0.3127 3008 -
all-3150 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.5418 Å / Origin y: -7.7538 Å / Origin z: -16.7086 Å
111213212223313233
T0.4726 Å20.1296 Å20.0013 Å2-0.433 Å2-0.0298 Å2--0.3311 Å2
L0.6127 °21.6657 °20.3963 °2-0.9499 °2-0.117 °2--3.5043 °2
S-0.058 Å °0.5304 Å °-0.2046 Å °-0.0038 Å °-0.2018 Å °0.0531 Å °-0.1497 Å °0.0373 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA260 - 369
2X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 20
4X-RAY DIFFRACTION1allA30 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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