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- PDB-4hbm: Ordering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hbm
タイトルOrdering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードligase/ligase inhibitor / MDM2 / p53 / protein protein interaction / inhibitor / ligase-ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of protein processing / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / response to steroid hormone / SUMO transferase activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / atrioventricular valve morphogenesis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / blood vessel development / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cellular response to antibiotic / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of protein catabolic process / cellular response to UV-C / cellular response to estrogen stimulus / protein sumoylation / response to magnesium ion / blood vessel remodeling / ribonucleoprotein complex binding / protein localization to nucleus / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / : / positive regulation of protein export from nucleus / response to cocaine / ubiquitin binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein localization / sperm end piece / Stabilization of p53 / cellular response to gamma radiation / Regulation of RUNX3 expression and activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Degradation of CDH1 / cellular response to growth factor stimulus / protein destabilization / response to toxic substance / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / disordered domain specific binding / protein polyubiquitination / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / endocytic vesicle membrane / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / sperm principal piece / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / sperm midpiece / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0Y7 / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, X.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Ordering of the N-terminus of human MDM2 by small molecule inhibitors.
著者: Michelsen, K. / Jordan, J.B. / Lewis, J. / Long, A.M. / Yang, E. / Rew, Y. / Zhou, J. / Yakowec, P. / Schnier, P.D. / Huang, X. / Poppe, L.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
F: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
H: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,36716
ポリマ－108,7648
非ポリマー3,6038
水15,601866
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0462
ポリマ－13,5961
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0924
ポリマ－27,1912
非ポリマー9012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
10
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

E: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0924
ポリマ－27,1912
非ポリマー9012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1,-z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
11
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

F: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0924
ポリマ－27,1912
非ポリマー9012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
12
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

H: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0924
ポリマ－27,1912
非ポリマー9012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area1150 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.35, 73.95, 123.09
Angle α, β, γ (deg.)90, 121.60, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 13595.528 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-0Y7 / {(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid


分子量: 450.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25Cl2NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Citrate, pH 5.0 1.5-2.0 M (NH4)2SO4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 109869 / Num. obs: 413436 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.493 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 5485 RANDOM
Rwork0.22 --
obs-109867 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6483 0 240 866 7589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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