PDB-4ha0: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant R230D wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ha0

タイトル

Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant R230D with Zn2+

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8 barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Xue, B. / Chow, J.Y. / Yew, W.S. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural evidence of a productive active site architecture for an evolved quorum-quenching GKL lactonase.
著者: Xue, B. / Chow, J.Y. / Baldansuren, A. / Yap, L.L. / Gan, Y.H. / Dikanov, S.A. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.

履歴

登録	2012年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ha0.cif.gz	273.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ha0.ent.gz	222.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ha0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ha0_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ha0_full_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示
XML形式データ	4ha0_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4ha0_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4ha0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4ha0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h9tC 4h9uC 4h9vC 4h9xC 4h9yC 4h9zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h9u-d 6jst-1 3ojg-1 4xay-d 3wml-1 6jst-2 3tnb-d 6jsu-d 3tn5-d 4wvx-d 4ker-1 6jss-1 4h9z-d 4kes-1 3a3x-1 4h9y-d 2r1k-2 6gbk-d 6g3m-1 4xd6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
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プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
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#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

B: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.974, 76.218, 134.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	B	0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.000111, -1.75479), (-0.000111, 0.999999, -0.001411), (1.77051)
ベクター: -34.988602, 0.026198, 67.353897)

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 36837.820 Da / 分子数: 2 / 変異: R230D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET-15b, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: sitting-drop vapor diffusion / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 mM ZnCl2, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.311 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.311 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 56082 / Num. obs: 56082 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 2.083 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	5.9	0.406	2786	0.582	1	99.3
1.93-1.97	6.2	0.438	2778	0.657	1	98.9
1.97-2.01	6.3	0.358	2835	0.745	1	99.1
2.01-2.05	6.4	0.321	2823	0.892	1	99.9
2.05-2.09	6.4	0.29	2799	0.996	1	99.2
2.09-2.14	6.3	0.259	2814	1.145	1	99.1
2.14-2.19	6.2	0.238	2802	1.264	1	98.8
2.19-2.25	6.1	0.206	2819	1.353	1	98.7
2.25-2.32	6.1	0.202	2803	1.527	1	99.2
2.32-2.39	6	0.181	2799	1.626	1	98
2.39-2.48	5.9	0.163	2775	1.718	1	97.8
2.48-2.58	5.8	0.147	2802	2.036	1	97.5
2.58-2.7	5.7	0.132	2746	2.131	1	96.2
2.7-2.84	5.5	0.119	2786	2.335	1	97.6
2.84-3.02	5.5	0.101	2781	2.411	1	96.8
3.02-3.25	5.4	0.091	2754	2.982	1	95.7
3.25-3.57	5.3	0.086	2761	3.867	1	95.1
3.57-4.09	5.2	0.084	2806	4.815	1	95.8
4.09-5.15	5.3	0.082	2787	5.473	1	94.5
5.15-30	5.5	0.076	3026	4.973	1	97.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.97 Å
Translation	3.5 Å	19.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.902→19.977 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3032	2845	5.09 %	random
R_work	0.2589	-	-	-
all	0.2611	55872	-	-
obs	0.2611	55872	97.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.052 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.28 Å² / B_iso mean: 46.9088 Å² / B_iso min: 12.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0568 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.8358 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.8601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→19.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5080	0	6	283	5369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5198
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.194	7036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.566	1924

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2330	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
1	2	B	2330	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9018-1.9345	0.3715	135	0.3206	2611	2746	98
1.9345-1.9697	0.3529	155	0.3285	2627	2782	99
1.9697-2.0075	0.3683	153	0.3045	2670	2823	99
2.0075-2.0485	0.3176	145	0.2899	2675	2820	100
2.0485-2.093	0.35	142	0.2906	2653	2795	99
2.093-2.1416	0.3802	151	0.2862	2646	2797	99
2.1416-2.1951	0.3058	132	0.2766	2678	2810	99
2.1951-2.2544	0.297	140	0.2754	2673	2813	99
2.2544-2.3206	0.3097	150	0.2695	2649	2799	99
2.3206-2.3954	0.2815	144	0.2696	2633	2777	98
2.3954-2.4809	0.3379	124	0.2692	2665	2789	98
2.4809-2.58	0.3293	151	0.2758	2653	2804	97
2.58-2.6971	0.3194	145	0.2664	2598	2743	96
2.6971-2.839	0.3113	154	0.2663	2623	2777	98
2.839-3.0163	0.3463	137	0.2647	2639	2776	97
3.0163-3.2482	0.3388	130	0.262	2617	2747	96
3.2482-3.5735	0.3152	130	0.2626	2631	2761	95
3.5735-4.0867	0.2615	142	0.2384	2644	2786	96
4.0867-5.1343	0.2363	130	0.2171	2656	2786	95
5.1343-19.978	0.2872	155	0.2466	2786	2941	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1062	-0.1255	0.0728	0.1667	-0.111	0.0854	-0.0166	0.1692	-0.0297	-0.0537	-0.0699	-0.0046	0.0711	-0.0141	-0.2736	0.2564	0.0872	0.0784	0.7436	-0.6401	0.7337	9.9299	-45.3643	23.7987
2	0.005	-0.017	0.0073	0.1148	0.0219	0.4564	0.0971	0.1928	-0.0457	0.1063	0.0576	-0.019	0.0579	0.3036	-0.1714	0.3097	0.0317	-0.0604	0.7075	-0.4568	0.5202	-14.0133	-37.5448	23.4577
3	0.0203	0.0068	-0.0082	0.0305	-0.0183	0.0114	-0.0076	-0.0252	0.0044	0.0185	0.0065	-0.0114	-0.0267	0.005	-0.0284	0.4865	0.0203	-0.1452	0.7932	-0.5319	0.7268	-17.0245	-48.8995	20.6334
4	0.0325	-0.0009	-0.0172	0.0402	-0.0159	0.0665	-0.0116	0.1462	-0.0217	-0.0423	-0.0159	0.0386	-0.0114	0.0933	-0.0933	0.4696	-0.0021	0.065	1.4199	-0.7618	0.7411	-5.4505	-46.9836	11.4245
5	0.1382	-0.0215	-0.1154	0.0971	-0.0523	0.1795	0.0443	0.2827	-0.1804	0.0072	-0.0119	-0.0007	-0.0122	0.1322	-0.0198	0.3493	0.0999	-0.0178	0.5177	-0.6164	0.7105	-4.32	-40.6927	24.4425
6	0.0665	0.0192	-0.0619	0.1258	-0.0386	0.0615	-0.0197	0.0703	-0.042	-0.0169	0.0079	0.0485	0.0549	0.0022	0.0097	0.3547	-0.1236	-0.001	0.6178	-0.555	0.6743	-4.2668	-52.4266	22.1782
7	0.778	0.2664	0.3283	0.1676	0.047	0.1947	-0.0026	0.46	-0.4119	-0.2007	0.4493	-0.3143	0.0656	0.4408	0.9124	0.2464	-0.0025	-0.0437	0.3571	-0.2503	0.331	-6.8576	-34.0652	30.0668
8	0.0761	-0.0258	0.022	0.0085	-0.0067	0.0064	0.1067	0.0054	0.0697	-0.0612	0.0852	-0.0328	-0.0925	0.0523	0.0263	0.3012	0.0585	-0.0332	0.2279	-0.1025	0.3451	-11.4526	-26.3298	45.8754
9	0.1341	0.0035	0.0216	0.0091	0.0251	0.0355	-0.0803	0.1394	-0.1879	-0.0686	0.0143	-0.087	-0.0572	0.0264	-0.1962	0.1674	0.0472	0.0164	0.0735	-0.2859	0.3228	-0.9814	-34.0958	42.6251
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:19)	A	3 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:41)	A	20 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:47)	A	42 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 48:61)	A	48 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 62:81)	A	62 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 82:87)	A	82 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 88:109)	A	88 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 110:114)	A	110 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:131)	A	115 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 132:149)	A	132 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 150:155)	A	150 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 156:175)	A	156 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 176:217)	A	176 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 218:240)	A	218 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 241:248)	A	241 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 249:262)	A	249 - 262
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 263:282)	A	263 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 283:302)	A	283 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 303:310)	A	303 - 310
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 311:325)	A	311 - 325
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 3:19)	B	3 - 19
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 20:41)	B	20 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 42:47)	B	42 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 48:61)	B	48 - 61
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 62:81)	B	62 - 81
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 82:87)	B	82 - 87
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 88:109)	B	88 - 109
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 110:114)	B	110 - 114
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 115:131)	B	115 - 131
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 132:149)	B	132 - 149
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 150:155)	B	150 - 155
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 156:175)	B	156 - 175
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 176:217)	B	176 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 218:240)	B	218 - 240
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 241:248)	B	241 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 249:262)	B	249 - 262
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 263:282)	B	263 - 282
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 283:302)	B	283 - 302
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 303:310)	B	303 - 310
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 311:325)	B	311 - 325

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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