[日本語] English
万見
- PDB-4h54: Crystal structure of the diguanylate cyclase DgcZ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h54
タイトルCrystal structure of the diguanylate cyclase DgcZ
要素Diguanylate cyclase YdeH
キーワードTRANSFERASE / zinc sensor / c-di-GMP / CZB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell pole / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / metabolic process / GTP binding / protein homodimerization activity ...negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell pole / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / metabolic process / GTP binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aspartate receptor, ligand-binding domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits ...Aspartate receptor, ligand-binding domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / GUANOSINE-5'-RP-ALPHA-THIO-TRIPHOSPHATE / Diguanylate cyclase DgcZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zaehringer, F. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and signaling mechanism of a zinc-sensory diguanylate cyclase.
著者: Zahringer, F. / Lacanna, E. / Jenal, U. / Schirmer, T. / Boehm, A.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase YdeH
B: Diguanylate cyclase YdeH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,79611
ポリマ－69,7692
非ポリマー3,0279
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.593, 102.593, 129.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase YdeH / DgcZ / DGC


分子量: 34884.426 Da / 分子数: 2 / 変異: C52A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1535, JW1528, ydeG, ydeH / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P31129, diguanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GAV / GUANOSINE-5'-RP-ALPHA-THIO-TRIPHOSPHATE


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200 mM calcium acetate, 20.0% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月14日
放射モノクロメーター: Bartels Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→89 Å / Num. all: 7096 / Num. obs: 7076 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 104.93 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.9-4.117.930.7710.83199.87
4.11-4.3612.270.571.310.59199.96
4.36-4.6614.30.41.810.42199.96
4.66-4.6614.310.312.360.32199.96
4.66-5.5214.360.262.880.27199.96
5.52-6.1714.190.252.930.26199.95
6.17-7.1214.280.174.130.17199.97
7.12-8.7214.210.079.540.07199.94
8.72-12.3313.980.0415.530.04199.92
12.33-89.0513.380.0315.450.04199.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MARMOSAIC225データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3T90 AND 3TVK

3t90

3tvk


解像度: 3.9→73.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7059 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6601 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.716 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 335 4.74 %RANDOM
Rwork0.2422 ---
obs0.2421 7072 99.76 %-
all-7096 --
原子変位パラメータBiso mean: 68.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.3747 Å20 Å20 Å2
2---21.3747 Å20 Å2
3---42.7495 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.846 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→73.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4348 0 162 0 4510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0164613HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.046297HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1613SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes656HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4613HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion605SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5723SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.36 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 102 5.12 %
Rwork0.239 1892 -
all0.2391 1994 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
122.0222.6762-0.24961.88345.60696.53770.5997-1.2916-1.69041.6391-1.1793-1.0037-0.11240.64920.5797-0.24130.58250.1972-0.1783-0.0543-0.176875.1225-28.0243-0.0934
29.5482-0.3882-0.299816.39110.104111.93670.21040.2438-0.6238-1.0938-0.16760.61091.85710.4205-0.0428-1.0546-0.8601-0.3722-0.40670.0293-1.034132.3592-41.59746.2266
330.41694.3169-0.106-5.15436.97361.62390.7992-1.1562.90132.1379-1.9526-1.1317-1.39152.31741.1535-0.46960.72010.2998-1.1023-0.0760.223769.1571-11.1277-3.932
47.06531.762-1.567215.784-0.76629.99170.227-0.2160.8827-1.57950.31850.51670.3619-1.1263-0.5455-0.2507-0.4411-0.2855-0.4045-0.2478-1.447929.9366-18.6675-9.5784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|35 A|54 - A|126 A|400 }A5 - 35
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|35 A|54 - A|126 A|400 }A54 - 126
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|35 A|54 - A|126 A|400 }A400 - 401
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|127 - A|296 A|600 A|601 A|700 A|701 }A127 - 296
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|127 - A|296 A|600 A|601 A|700 A|701 }A402 - 600
6X-RAY DIFFRACTION2{ A|127 - A|296 A|600 A|601 A|700 A|701 }A403 - 601
7X-RAY DIFFRACTION2{ A|127 - A|296 A|600 A|601 A|700 A|701 }A404 - 700
8X-RAY DIFFRACTION2{ A|127 - A|296 A|600 A|601 A|700 A|701 }A405 - 701
9X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|35 B|65 - B|126 B|400 }B2 - 35
10X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|35 B|65 - B|126 B|400 }B65 - 126
11X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|35 B|65 - B|126 B|400 }B400 - 401
12X-RAY DIFFRACTION4{ B|127 - B|296 B|600 B|601 B|700}B127 - 296
13X-RAY DIFFRACTION4{ B|127 - B|296 B|600 B|601 B|700}B402 - 600
14X-RAY DIFFRACTION4{ B|127 - B|296 B|600 B|601 B|700}B403 - 601
15X-RAY DIFFRACTION4{ B|127 - B|296 B|600 B|601 B|700}B404 - 700

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る