PDB-1y82: Conserved hypothetical protein Pfu-367848-001 from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y82

タイトル

Conserved hypothetical protein Pfu-367848-001 from Pyrococcus furiosus

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical protein / SECSG / PSI / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Pyrococcus furiosus / Pfu-367848-001 / hyperthermophile

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Horanyi, P. / Tempel, W. / Habel, J. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Florence, Q. / Zhou, W. / Lin, D. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Pfu-367848-001 from Pyrococcus furiosus
著者: Horanyi, P. / Tempel, W. / Habel, J. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Florence, Q. / Zhou, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Liu, ...

履歴

登録	2004年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y82.cif.gz	128.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y82.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y82_validation.pdf.gz	465 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y82_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	1y82_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	1y82_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/1y82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/1y82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zue-1 4zaj-d 6k4n-d 6mgd-d 4h54-d 2fys-d 4q2y-2 4q2x-1 4q2t-1 3q29-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-367848-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

73.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.601, 103.667, 104.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 18462.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3V0
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 5.5 詳細: 0.1M citrate, 0.1M sodium chloride, 0.1M lithium sulfate, 30% v/v PEG 400, pH 5.5, modified microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	0.97623
シンクロトロン	APS	22-BM	2	0.97623

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD
mar165	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 28211 / % possible obs: 98.7 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 2.127

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	0.349	2788	0.883	1,2	99.7
2.38-2.48	0.265	2811	1.001	1,2	99.8
2.48-2.59	0.199	2819	1.042	1,2	99.9
2.59-2.73	0.155	2811	1.225	1,2	100
2.73-2.9	0.139	2825	1.297	1,2	100
2.9-3.12	0.11	2826	1.653	1,2	100
3.12-3.44	0.102	2849	2.37	1,2	100
3.44-3.93	0.096	2511	3.471	1,2	87.6
3.93-4.95	0.076	2918	3.55	1,2	100
4.95-40	0.072	3053	5.056	1,2	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.4 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / 反射: 23668

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.22-20	0.36	1303
5.33-8.22	0.44	2067
4.21-5.33	0.45	2601
3.59-4.21	0.45	2995
3.18-3.59	0.45	3329
2.88-3.18	0.4	3626
2.66-2.88	0.34	3821
2.48-2.66	0.29	3926

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.5 / 反射: 23668 / Reflection acentric: 20942 / Reflection centric: 2726

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.9-19.404	0.85	0.85	0.69	1105	787	318
4.3-6.9	0.79	0.82	0.63	3327	2772	555
3.4-4.3	0.8	0.82	0.63	4104	3583	521
3-3.4	0.69	0.71	0.5	4053	3629	424
2.6-3	0.52	0.54	0.34	6973	6364	609
2.4-2.6	0.37	0.38	0.2	4106	3807	299

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 2.3→73.521 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / WR_factor R_free: 0.259 / WR_factor R_work: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2779	875	3.111 %	THIN SHELLS
R_work	0.2216	-	-	-
all	0.223	-	-	-
obs	0.22346	28124	98.353 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.792 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.609 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.183 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→73.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4473	0	42	39	4554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	2.008	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.797	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.406	25.375	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.827	15	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.458	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.655	2	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.089	3	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.434	2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.901	3	1425

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.356	0.323	70	0.222	1940	2076	96.821
2.356-2.42	0.321	70	0.22	1958	2035	99.656
2.42-2.49	0.289	35	0.221	1934	1970	99.949
2.49-2.567	0.33	70	0.237	1817	1889	99.894
2.567-2.651	0.307	70	0.234	1803	1873	100
2.651-2.744	0.343	35	0.233	1778	1813	100
2.744-2.847	0.34	70	0.239	1655	1725	100
2.847-2.963	0.247	35	0.24	1654	1689	100
2.963-3.095	0.245	70	0.244	1543	1613	100
3.095-3.246	0.281	35	0.228	1518	1553	100
3.246-3.421	0.301	35	0.225	1443	1478	100
3.421-3.628	0.29	35	0.204	1000	1389	74.514
3.628-3.878	0.287	70	0.197	1240	1335	98.127
3.878-4.187	0.202	35	0.192	1177	1218	99.507
4.187-4.586	0.256	35	0.179	1116	1151	100
4.586-5.124	0.178	35	0.194	994	1029	100
5.124-5.912		0	0.241	935	935	100
5.912-7.229	0.353	35	0.284	767	802	100
7.229-10.175	0.247	35	0.197	592	628	99.841
10.175-73.521		0	0.304	385	394	97.716

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