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万見
- PDB-4h3d: 1.95 Angstrom Crystal Structure of of Type I 3-Dehydroquinate Deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3d
タイトル1.95 Angstrom Crystal Structure of of Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with Covalent Modified Comenic Acid.
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM Barrel / Aldolase class I / 3-dehydroquinate dehydratase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Dehydroquinase class I active site. / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-SHL / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Duban, M.-E. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.95 Angstrom Crystal Structure of of Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with Covalent Modified Comenic Acid.
著者: Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Duban, M.-E. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,12215
ポリマ－116,7524
非ポリマー1,37011
水14,718817
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1388
ポリマ－58,3762
非ポリマー7626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9857
ポリマ－58,3762
非ポリマー6095
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.275, 138.688, 66.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase


分子量: 29188.055 Da / 分子数: 4 / 断片: Type I 3-dehydroquinate Dehydratase (aroD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: aroD, CD630_22170 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q186A6, 3-dehydroquinate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 828分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-SHL / 5-hydroxy-6-methyl-4-oxo-4H-pyran-2-carboxylic acid / Comenic acid


分子量: 170.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O5
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 7.5mg/mL, 0.5M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3. Screen: 0.1M MES pH 6.5, 25% (v/v) PEG 550 MME. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 79221 / Num. obs: 79221 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3903 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JS3

3js3


解像度: 1.95→27.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.229 / SU ML: 0.095
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19936 4014 5.1 %RANDOM
Rwork0.15561 ---
all0.15788 74846 --
obs0.15788 74846 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å2-0.21 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8036 0 94 817 8947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.99211687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9743.00114928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.46951093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27425.109368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.365151737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1561548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2381.55304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.421.52132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09128688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47433357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4694.52999
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 289 -
Rwork0.187 5442 -
obs-5442 99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7920.18070.50611.40970.30121.6393-0.1009-0.04030.18410.02540.0586-0.0802-0.16660.05780.04230.0284-0.0077-0.00850.0176-0.01580.031347.9501-8.037371.379
21.71860.51140.32622.17210.22791.99750.046-0.2104-0.08950.1890.0558-0.19670.13030.1329-0.10180.0452-0.0084-0.03020.0892-0.01260.038352.8015-19.051275.5799
30.81350.46950.21710.4646-0.61053.1170.0691-0.0037-0.23660.0058-0.0408-0.14290.24120.1756-0.02840.04490.0123-0.01230.0382-0.01070.077348.2958-31.368960.134
41.38460.02190.16310.8166-0.07611.08650.06080.0556-0.0661-0.0262-0.05730.01860.07560.0053-0.00350.0221-0.0031-0.01220.0207-0.01260.024641.4365-24.387157.2291
57.0180.52841.91714.39453.23044.8981-0.2980.26920.4562-0.77630.0095-0.0091-0.69530.0420.28860.22770.0223-0.04710.07980.02170.06238.5469-8.941456.0093
62.3647-0.6838-0.28264.35152.51064.31050.06320.28450.2223-0.20580.0831-0.7276-0.2820.3138-0.14630.0563-0.0450.0040.08840.03760.159338.4076-11.115829.2644
72.1905-0.07980.7472.3853-0.01132.0313-0.0529-0.05650.20450.02990.03030.1627-0.2043-0.28830.02260.03230.0233-0.00090.07860.0210.040516.9402-8.071227.8481
81.6004-0.0259-0.42522.4632-0.37733.1020.03140.23-0.055-0.32460.05030.05380.0009-0.0637-0.08170.0488-0.0155-0.01540.06780.01550.020724.1508-17.644718.3828
91.050.4242-0.06690.9952-0.1732.69420.106-0.0546-0.12430.063-0.0822-0.11890.25730.0572-0.02380.0667-0.0234-0.04150.02530.02060.059131.8151-26.676536.5075
105.6472-1.28311.63363.6352-0.70495.2266-0.0976-0.26020.15160.4456-0.0152-0.0892-0.3619-0.28990.11280.184-0.0502-0.05470.06240.03170.070833.1066-10.373543.4721
111.9994-0.0044-0.47761.37980.20131.6694-0.08720.0529-0.2368-0.02640.0468-0.05760.15060.06350.04040.02880.00660.00720.0284-0.02030.036948.08837.646328.3699
123.0054-0.1268-0.56951.65880.46872.18450.01330.1472-0.0383-0.14130.0813-0.2354-0.06960.1198-0.09470.02780.01590.02120.0628-0.01850.037153.973114.404824.9102
134.16920.58911.82064.46350.49666.0745-0.01420.39820.2271-0.4916-0.0008-0.0654-0.32730.27870.0150.11520.02690.04950.11370.01810.055349.615424.287120.9443
141.2708-0.1341-0.02451.0033-0.10061.12960.0525-0.04020.10410.0242-0.053-0.0266-0.07450.06770.00060.02690.00280.01660.0278-0.01020.031643.779225.438541.1389
1515.9641-3.4964-2.55145.61123.64976.5177-0.4755-0.4292-0.34970.76930.07440.07050.74750.04110.40120.2489-0.03870.05780.07660.03190.067338.11857.912443.9072
162.59631.3862-0.71574.78861.88193.95670.1406-0.2942-0.31870.29120.1031-0.73940.22340.4373-0.24370.08030.052-0.00690.10110.03120.151638.713110.81570.3327
172.09130.3488-0.87282.0564-0.0482.0795-0.08230.0718-0.1908-0.03260.03670.13410.246-0.26910.04560.0456-0.01950.00960.07640.02150.042716.93947.435171.669
181.4920.30180.2141.3267-0.24022.81330.0607-0.22130.05640.31830.01170.02270.0113-0.0675-0.07240.08460.01580.01630.07170.02040.033124.115716.983881.1292
190.8433-0.223-0.161.1333-0.35332.70040.10820.02590.1111-0.0524-0.0867-0.1099-0.26370.0522-0.02150.07180.02670.04620.02970.02010.064631.84725.912362.9503
206.01361.9683-1.66723.1302-0.60835.0539-0.12420.2825-0.208-0.33730.0419-0.24450.292-0.250.08240.15160.04730.06390.06390.0350.072733.63619.837156.2532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3A143 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4A165 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5A225 - 255
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7B22 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8B102 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9B140 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10B214 - 254
11X-RAY DIFFRACTION11C1 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12C69 - 118
13X-RAY DIFFRACTION13C119 - 140
14X-RAY DIFFRACTION14C141 - 226
15X-RAY DIFFRACTION15C227 - 255
16X-RAY DIFFRACTION16D0 - 21
17X-RAY DIFFRACTION17D22 - 101
18X-RAY DIFFRACTION18D102 - 139
19X-RAY DIFFRACTION19D140 - 213
20X-RAY DIFFRACTION20D214 - 254

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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