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万見
- PDB-4h37: Crystal structure of a voltage-gated K+ channel pore domain in a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h37
タイトルCrystal structure of a voltage-gated K+ channel pore domain in a closed state in lipid membranes
要素Lmo2059 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MODULE / PORE MODULE / ION CHANNEL / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Voltage-dependent channel domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lmo2059 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Santos, J.S. / Asmar-Rovira, G.A. / Han, G.W. / Liu, W. / Syeda, R. / Cherezov, V. / Baker, K.A. / Stevens, R.C. / Montal, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Voltage-gated K+ Channel Pore Module in a Closed State in Lipid Membranes.
著者: Santos, J.S. / Asmar-Rovira, G.A. / Han, G.W. / Liu, W. / Syeda, R. / Cherezov, V. / Baker, K.A. / Stevens, R.C. / Montal, M.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo2059 protein
B: Lmo2059 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2796
ポリマ－31,1232
非ポリマー1564
水00
1
A: Lmo2059 protein
B: Lmo2059 protein
ヘテロ分子

A: Lmo2059 protein
B: Lmo2059 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,55912
ポリマ－62,2464
非ポリマー3138
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.100, 80.670, 55.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

K

21A-202-

K

31A-203-

K

41A-204-

K

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要素

#1: タンパク質 Lmo2059 protein


分子量: 15561.433 Da / 分子数: 2
断片: KVLM PORE MODULE, TRUNCATED C-TERMINUS (UNP RESIDUES 98-233)
変異: A98C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2059 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q8Y5K1
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.25
詳細: 25% (v/v) PEG-MME-550, 0.35 M sodium nitrate, 50 mM ADA, 50 mM sodium malonate pH 7.0, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→32.6 Å / Num. obs: 3736 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 101.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EFF, 2ATK , 2A79 AND 1ORQ

3eff

2atk

2a79

1orq


解像度: 3.35→32.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.341 534 14.29 %RANDOM
Rwork0.314 ---
obs0.318 3736 95.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 192.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2681 Å20 Å20 Å2
2--36.1359 Å20 Å2
3----45.404 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.95 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 4 0 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011337HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.941833HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.75 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 140 14.03 %
Rwork0.264 858 -
all0.2703 998 -
obs--95.48 %
精密化 TLS

T22: -0.6079 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1350.37371.416416.63093.04890.5255-0.02840.398-0.19190.14510.01470.03930.0588-0.20720.01370.59280.0166-0.07570.01430.6077-7.8178-10.341525.9932
22.9192-2.7463-1.483315.66841.07542.4693-0.06060.33790.02180.04780.1180.22230.00090.0402-0.05740.6079-0.0232-0.1609-0.0670.6078-10.32167.661525.7507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|14 - A|99 }A14 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|14 - B|99 }B14 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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