PDB-4h33: Crystal structure of a voltage-gated K+ channel pore module in a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h33

タイトル

Crystal structure of a voltage-gated K+ channel pore module in a closed state in lipid membranes, tetragonal crystal form

要素

Lmo2059 protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BILAYERS / KVLM / LIPIDIC CUBIC PHASE (LCP) / PORE MODULE / ION CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Santos, J.S. / Asmar-Rovira, G.A. / Han, G.W. / Liu, W. / Syeda, R. / Cherezov, V. / Baker, K.A. / Stevens, R.C. / Montal, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Voltage-gated K+ Channel Pore Module in a Closed State in Lipid Membranes.
著者: Santos, J.S. / Asmar-Rovira, G.A. / Han, G.W. / Liu, W. / Syeda, R. / Cherezov, V. / Baker, K.A. / Stevens, R.C. / Montal, M.

履歴

登録	2012年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h33.cif.gz	52.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h33.ent.gz	36.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h37C 1orqS 2a79S 2atkS 3effS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iw9-2 6s21-1 3pav-d 6s21-3 4nhz-5 5b7f-d 1r5k-2 3ptq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (3) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#38 - 2003年2月
カリウムチャネル (Potassium Channels)
類似性 (3)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (2)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
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#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo2059 protein

ヘテロ分子

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lmo2059 protein

ヘテロ分子

A: Lmo2059 protein

ヘテロ分子

A: Lmo2059 protein

ヘテロ分子

A: Lmo2059 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.370, 53.370, 108.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- K
2	1	A-202- K
3	1	A-203- K

#1: タンパク質	Lmo2059 protein 分子量: 15561.433 Da / 分子数: 1 断片: KVLM PORE MODULE, TRUNCATED C-TERMINUS (UNP RESIDUES 98-233) 変異: A98C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2059 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q8Y5K1
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 32

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 26-30% (v/v) PEG-MME-550, 0.5 M to 0.6 M ammonium sulfate, and 50 mM ADA, Lipidic Cubic Phase (LCP) , pH 7.0, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 2994 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 80.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EFF, 2ATK, 2A79 and 1ORQ

解像度: 3.1→16.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8555 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7825 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.305	369	13.8 %	RANDOM
R_work	0.2814	-	-	-
obs	0.2845	2674	85.11 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.6701 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.6701 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.3403 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.248 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→16.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	673	0	60	0	733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	744	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	1006	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		332	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		8	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		101	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		744	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		4	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.47 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2978	58	12.98 %
R_work	0.2488	389	-
all	0.2551	447	-
obs	-	-	85.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.3567 Å / Origin y: -5.4997 Å / Origin z: 34.4487 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.6079 Å²	0.0224 Å²	-0.116 Å²	-	-0.5678 Å²	0.0132 Å²	-	-	0.6079 Å²
L	5.0033 °²	-0.0692 °²	-1.6422 °²	-	2.9151 °²	0.4075 °²	-	-	1.6606 °²
S	0.0599 Å °	0.822 Å °	-0.1525 Å °	-0.7685 Å °	-0.0491 Å °	0.2122 Å °	0.0875 Å °	-0.4165 Å °	-0.0108 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|30 - A\|120 A\|3001 - A\|3007 }	A	30 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|30 - A\|120 A\|3001 - A\|3007 }	A	3001 - 3007

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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