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- PDB-4h23: Cytochrome P411BM3-CIS cyclopropanation catalyst -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h23
タイトルCytochrome P411BM3-CIS cyclopropanation catalyst
要素Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Enzymatic Cyclopropanation / directed evolution / non-natural function
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Coelho, P.S. / Wang, Z.J. / Ener, M.E. / Baril, S.A. / Kannan, A. / Arnold, F.H. / Brustad, E.M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A serine-substituted P450 catalyzes highly efficient carbene transfer to olefins in vivo.
著者: Coelho, P.S. / Wang, Z.J. / Ener, M.E. / Baril, S.A. / Kannan, A. / Arnold, F.H. / Brustad, E.M.
履歴
登録2012年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年12月18日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis
B: Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6774
ポリマ－107,4452
非ポリマー1,2332
水43224
1
A: Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3392
ポリマ－53,7221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3392
ポリマ－53,7221
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.158, 124.455, 127.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450-BM3 variant P411BM3-Cis / Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Cytochrome P450 102


分子量: 53722.258 Da / 分子数: 2 / 断片: heme domain (UNP residues 1-464)
変異: V78A, F87V, P142S, T175I, A184V, S226R, H236Q, E252G, T268A, A290V, L353V, I366V, C400S, E442K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: CYP102A1, cyp102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 5.8, 17% PEG3350, 0.14 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44.901 Å / Num. all: 15774 / Num. obs: 15774 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.3-3.485.40.5141.21225122600.514100
3.48-3.695.40.3911.51160321320.391100
3.69-3.945.40.2682.21102020260.268100
3.94-4.265.40.19731006718700.197100
4.26-4.675.30.1374.4923517310.13799.9
4.67-5.225.30.1145.5842015900.114100
5.22-6.025.30.1274.9744214110.127100
6.02-7.385.10.0966.8624512160.096100
7.38-10.444.90.0599.947339680.059100
10.44-44.9014.30.05310.824685700.05398.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JPZ CHAIN B

1jpz


解像度: 3.3→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 59.229 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.61 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2645 831 5.3 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
all0.1833 15715 --
obs0.1833 15715 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.26 Å2 / Biso mean: 38.439 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å2-0 Å2
2--1.86 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 86 24 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.65229751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63724.257303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.786151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5641534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.54508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09327177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64832644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8554.52574
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 62 -
Rwork0.185 1072 -
all-1134 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6405-0.5562-0.09991.41940.01140.54420.04420.0751-0.003-0.07480.0244-0.0319-0.03060.0183-0.06870.09070.00390.00540.1069-0.0080.04124.9114.394143.2772
21.345-0.1872-0.54570.36250.13611.77430.0775-0.01910.13120.05630.03830.0672-0.08460.0359-0.11580.1189-0.0030.05610.00620.0120.1035-24.460239.75665.9351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 455
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 455
4X-RAY DIFFRACTION2B500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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